关于铁路合同工会签约三年后的处理方式，需结合合同条款、法律规定及实际情况综合判断，以下是具体分析：

1. 合同到期后的自然终止与续签
   根据《劳动合同法》第四十四条，合同期满后劳动关系自然终止。若双方均有续签意愿，应在合同到期前协商新条款（如薪资、岗位、期限等），并签订书面续签协议。若未续签但继续用工，可能视为按原条件续订（《劳动合同法实施条例》第六条），但建议明确书面约定以避免争议。

2. 合同终止后的经济补偿问题

   • 用人单位不续签或降低条件导致不续签：需支付经济补偿，标准为每工作满1年支付1个月工资（《劳动合同法》第四十六条、第四十七条）。
     
   • 劳动者主动不续签：通常无需支付补偿，但若用人单位维持或提高条件仍不续签，劳动者可主张补偿。
     
   • 特殊情形：若合同因铁路行业特性（如项目终止、政策调整）提前终止，需结合具体原因判断是否属于“客观情况重大变化”，此时用人单位需协商变更合同或支付补偿。

3. 铁路行业合同的特殊性处理
   铁路合同可能涉及集体合同或专项协议（如安全责任、保密条款），需注意：

   • 集体合同期限通常长于个人合同，个人合同到期后若集体合同仍有效，部分条款可能继续约束双方；
     
   • 若合同涉及铁路专项技术或商业秘密，到期后劳动者仍需遵守竞业限制或保密义务，用人单位需按约定支付补偿。

4. 争议解决建议

   • 协商优先：双方可就续签条件、补偿金额等协商，形成书面补充协议；
     
   • 调解或仲裁：若协商不成，可向铁路系统内部调解机构申请调解，或直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；
     
   • 诉讼途径：对仲裁结果不服的，可在15日内向法院提起诉讼。

行动建议：

• 提前30日书面通知对方是否续签，避免逾期责任；
  
• 审查原合同条款，明确到期后的权利义务（如保密期、竞业限制）；
  
• 保留用工证据（如工资记录、考勤表），以备争议时使用。
  

如有具体条款或情境需进一步分析，可直接向我说明细节。