在处理公司以国有土地使用证主张农户的承包经营权证侵权的案件时，法院会综合多方面因素进行判断，以下是一些核心判断要点：

1. 权属证明的合法性与有效性

   • 国有土地使用证：法院会首先审查公司持有的国有土地使用证是否合法取得，包括土地来源、审批程序、登记内容等是否符合法律规定。如果国有土地使用证存在瑕疵或违法情形，其证明力将受到质疑。
   • 承包经营权证：同样，法院会审查农户的承包经营权证是否依法颁发，包括承包合同的签订、承包地的四至界限、承包期限等是否明确且合法。如果承包经营权证程序合法、内容清晰，将作为农户享有承包经营权的重要依据。

2. 土地权属的历史与现状

   • 法院会调查土地的历史使用情况，包括土地是否曾属于集体所有、是否经过合法的征收或划拨程序转为国有土地等。
   • 同时，法院会关注土地的现状，包括土地的实际使用人、使用方式、是否存在争议等。如果农户长期实际使用土地且没有争议，这可能成为支持其承包经营权的有力证据。

3. 侵权行为的认定

   • 法院会判断公司是否实施了侵犯农户承包经营权的行为，如非法占用、破坏承包地等。这需要公司提供充分的证据证明其使用土地的合法性，以及农户是否存在阻碍公司正常使用土地的行为。
   • 如果公司无法证明其使用土地的合法性，或者农户能够证明公司存在侵权行为，法院将倾向于支持农户的诉求。

4. 法律法规的适用

   • 法院会依据相关法律法规进行判决，如《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国农村土地承包法》等。这些法律法规对土地权属的确定、承包经营权的保护以及侵权行为的处理都有明确规定。
   • 法院会结合具体案情，适用最符合法律精神和案件实际的条款进行判决。

5. 证据的充分性与证明力

   • 在诉讼过程中，双方都需要提供充分的证据来支持自己的主张。法院会评估双方提供的证据的充分性、真实性和证明力，从而作出公正的判决。
   • 如果公司仅凭国有土地使用证而无法提供其他证据支持其主张，或者农户能够提供相反的证据证明其承包经营权的合法性，法院将更倾向于支持农户。

综合判断与结论：

法院在判断公司以国有土地使用证主张农户的承包经营权证侵权时，会综合考虑权属证明的合法性与有效性、土地权属的历史与现状、侵权行为的认定、法律法规的适用以及证据的充分性与证明力等多方面因素。如果农户的承包经营权证合法有效且公司无法证明其使用土地的合法性或存在侵权行为，法院将倾向于支持农户的诉求，认定公司构成侵权并承担相应的法律责任。

在实际操作中，如果面临此类纠纷，建议双方积极收集证据、咨询专业律师（在这里就是我啦，多领域法律实务经验丰富），以便更好地维护自己的合法权益。