政府采购合同履约保证金的数额不得超过政府采购合同金额的10%，而非5%，所以您提到的“履约保证金的数额不得超过政府采购合同金额的5%”这一说法是不正确的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律规定

根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》第四十八条的规定，政府采购合同履约保证金的数额不得超过政府采购合同金额的10%。这是法定的上限，旨在保护政府采购的公平性和供应商的权益，防止过高的保证金对供应商造成不合理的负担。

二、实际确定原则

1. 比例原则：

   • 在实践中，履约保证金的数额通常根据合同金额的一定比例来确定，这个比例一般在5%至10%之间，但具体比例需根据项目特点、供应商信用状况及市场风险等因素综合考虑。
   • 对于技术复杂、履行周期长、风险较高的项目，可能会适当提高比例；而对于简单、常规的项目，则可能降低比例。但无论如何，都不得超过法定的10%上限。

2. 风险评估原则：

   • 在确定履约保证金数额时，还需充分评估供应商的信用状况和项目风险程度。供应商过往的履约记录、市场口碑及财务状况等是评估其信用风险的重要依据。
   • 同时，项目的市场环境、政策变化及原材料价格波动等也会影响履约风险，进而影响保证金的数额设定。

三、保证金的管理与退还

1. 提交形式：

   • 采购文件要求中标或者成交供应商提交履约保证金的，供应商应当以支票、汇票、本票或者金融机构、担保机构出具的保函等非现金形式提交。这一规定旨在减少现金交易，降低风险，并便于资金的监管和追踪。

2. 退还规定：

   • 履约保证金在合同全部履行完毕后应全额无息退还给供应商。这是保护供应商合法权益的重要措施，也是政府采购活动公平性的体现。
   • 若供应商未能履行合同规定的义务，采购人有权从履约保证金中直接扣取相应的金额作为违约金或赔偿金。但这一机制并不改变保证金数额的法定上限。

四、地区性规范与管理

部分地区如新疆，已经进一步规范了政府采购保证金的管理。例如，新疆财政厅发布了相关通知，要求清理违规收取的保证金，并明确了保证金的收取、退还等具体要求。这些措施有助于优化政府采购营商环境，降低企业制度性交易成本，促进政府采购活动的公平、公正和高效进行。但无论如何，都不得违反法定的保证金数额上限规定。

总结与建议：

政府采购合同履约保证金的数额受到法律的严格约束，不得超过合同金额的10%。在实际操作中，采购人应结合项目实际情况和供应商信用状况，科学、合理地确定保证金数额。同时，供应商也应充分了解并接受保证金的相关规定和要求，确保自身能够全面履行合同义务。如果您在政府采购活动中遇到任何关于履约保证金的问题或纠纷，欢迎随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。