和肇事司机儿子签订的协议是否有效，这主要取决于协议的内容、签订时的具体情况以及是否符合相关法律法规的规定。以下从几个方面进行详细分析：
协议内容合法性：
- 协议内容必须合法，不得违反国家法律法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。如果协议内容涉及非法活动或损害国家、集体、第三人利益，那么该协议是无效的。
- 例如，如果协议中约定肇事司机儿子代替肇事司机承担全部法律责任，而肇事司机儿子本身并无过错，且这种约定违反了法律关于责任承担的规定，那么该部分条款可能是无效的。
签订协议时的主体资格：
- 签订协议的双方必须具备相应的民事行为能力。如果肇事司机儿子是未成年人或精神病人等无民事行为能力人或限制民事行为能力人，那么他签订的协议可能是无效的或可撤销的。
- 此外，如果肇事司机儿子在签订协议时受到了欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么该协议也是可撤销的。
协议是否真实反映了双方的意思表示：
- 协议必须是双方真实意思的表示，不能存在误解、欺诈、胁迫等情形。如果协议是在一方不知情或被迫的情况下签订的，那么该协议可能是无效的或可撤销的。
- 例如，如果肇事司机儿子在签订协议时并不清楚协议的具体内容，或者是在肇事司机或其他人的胁迫下签订的，那么该协议可能是无效的。
协议是否涉及第三方利益：
- 如果协议的内容涉及到第三方的利益，比如保险公司的理赔、受害者的赔偿等，那么需要确保协议不会损害这些第三方的合法权益。否则，该协议可能因损害第三方利益而无效。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 在签订协议前，务必仔细阅读协议内容，确保协议内容合法、真实反映了双方的意思表示，并且不损害任何第三方的利益。
- 如果可能的话，建议咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。
- 如果协议已经签订，但后来发现存在无效或可撤销的情形，建议及时寻求法律救济，比如通过诉讼或仲裁等方式来维护自己的合法权益。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都是独特的，因此上述分析并不能完全替代专业律师的意见。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况给出更详细的法律建议。