交通赔偿协议由儿子签署是否生效，需分情况讨论：
若儿子是事故的直接责任人或被授权代表签署：
- 在这种情况下，儿子作为事故的直接参与者或经过合法授权的代表，其签署的赔偿协议是具有法律效力的。因为儿子在此情境下，有权代表自己或被代表方（如父母，如果儿子是未成年人且父母作为法定代理人）进行民事法律行为，包括签署赔偿协议。
若儿子并非事故的直接责任人且未获授权：
- 如果儿子并非事故的直接责任人，且没有得到事故责任方（如父母或其他法定代理人）的明确授权来签署赔偿协议，那么这份协议可能因缺乏合法的代理权而无效。在这种情况下，赔偿协议需要由具有法律资格和代理权的责任方来签署，才能确保其法律效力。
特殊情况：儿子为未成年人：
- 如果儿子是未成年人，那么他签署的赔偿协议可能因缺乏完全民事行为能力而无效。未成年人的民事法律行为通常需要由其法定代理人（如父母）代为进行，或者得到法定代理人的事后追认才能生效。因此，在这种情况下，即使儿子签署了赔偿协议，也可能需要其父母或其他法定代理人的确认才能使其具有法律效力。
法律建议：
- 在签署交通赔偿协议前，务必确认签署人是否具有合法的代理权和民事行为能力。
- 如果涉及未成年人或代理签署的情况，建议咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。
- 赔偿协议的内容应当明确、具体，包括赔偿金额、支付方式、支付时间等关键条款，以避免后续纠纷。
可能法律后果：
- 如果赔偿协议因签署人缺乏合法代理权或民事行为能力而无效，那么事故双方可能需要重新协商赔偿事宜，甚至可能需要通过法律途径来解决纠纷。
- 如果赔偿协议被确认有效，但一方未按照协议履行赔偿义务，另一方有权依据协议向法院提起诉讼，要求对方履行赔偿义务并承担违约责任。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。