结论：在境外公司实际控制人是主体公司的情况下，合同签署的责任方主要取决于合同主体以及公司内部的授权和决策机制。以下从不同角度进行分析：
合同主体角度：
- 如果合同是以境外公司的名义签订，且境外公司具有独立的法人资格，那么通常情况下，境外公司应作为合同的一方，并承担相应的法律责任。此时，合同的签署应由境外公司的法定代表人或经其授权的代表进行。
- 如果合同是以主体公司的名义签订，即使境外公司是实际控制人，主体公司仍应作为合同的一方，并承担法律责任。境外公司作为实际控制人，可能通过其控制地位影响主体公司的决策，但在法律上，主体公司仍是独立的合同主体。
公司内部授权和决策机制角度：
- 境外公司作为实际控制人，可能通过公司章程、股东协议或董事会决议等方式，对主体公司的经营决策进行控制。在这种情况下，如果主体公司签署合同是经过境外公司授权或决策的，那么合同的责任仍应由主体公司承担，但境外公司可能因其在决策过程中的作用而承担一定的间接责任。
- 如果境外公司未经主体公司合法授权，擅自以主体公司名义签署合同，那么该合同可能因缺乏合法授权而无效或可撤销。此时，境外公司可能因侵权或违约行为而承担法律责任。
实际操作建议：
- 在涉及跨境交易和合同签署时，建议明确合同主体，并在合同中详细约定各方的权利和义务，以避免因主体不明确而引发的法律纠纷。
- 如果境外公司作为实际控制人希望参与合同签署过程，应确保其参与行为符合公司章程和法律法规的规定，并获得主体公司的合法授权。
- 在签署合同前，建议对合同条款进行仔细审查，确保合同内容合法、合规，并符合各方的利益诉求。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司具有独立的法人资格，应以其全部财产对公司的债务承担责任。公司的实际控制人不得利用其关联关系损害公司利益，否则应承担赔偿责任。
- 在合同签署方面，根据《中华人民共和国民法典》的规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。合同的签署应遵循自愿、平等、公平、诚实信用的原则，并符合法律法规的规定。
可能后果：
- 如果合同签署不当或存在法律瑕疵，可能导致合同无效或可撤销，从而给各方带来经济损失和法律风险。
- 境外公司作为实际控制人，如果未经合法授权参与合同签署过程，可能因侵权或违约行为而承担法律责任，包括赔偿损失、承担违约金等。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。