三方协议是否有效需分情况讨论，关键在于协议内容是否合法合规且符合法定形式要求。具体分析如下：

1. 若协议内容完整且符合法定形式
   根据《民法典》第143条，有效合同需满足：

   • 行为人具有相应民事行为能力（回迁户和开发商均需具备签约资格）；
     
   • 意思表示真实（无欺诈、胁迫等情形）；
     
   • 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
     若协议已明确约定回迁安置补偿标准、过渡期安排、违约责任等核心条款，且双方签字盖章真实，即使缺少政府方签字，协议在回迁户与开发商之间仍可能有效，但政府未参与可能影响项目合法性认定（如规划审批、土地性质变更等）。

2. 若协议涉及政府承诺或公共利益
   棚户区改造通常涉及政府主导的行政许可、土地征收等环节。若协议中约定政府需履行特定义务（如提供配套设施、协调规划变更等），但政府未签字盖章，则该部分条款可能因缺乏行政主体确认而无法强制执行。此时需结合地方性法规判断，例如部分地区要求棚改协议必须经政府备案或见证。

3. 潜在风险提示

   • 开发商资质风险：若开发商未取得棚改项目开发资质，协议可能因主体不适格被认定无效；
     
   • 规划合规风险：若项目未取得《建设工程规划许可证》，回迁户可能面临无法办理产权证的风险；
     
   • 政府角色缺失：政府未参与可能导致拆迁补偿标准缺乏监督，回迁户权益受损时难以通过行政途径救济。

建议行动：

1. 核查协议是否包含“本协议需经政府确认后生效”等附条件条款；
   
2. 向当地住建部门确认项目是否已纳入棚改计划并取得审批文件；
   
3. 若已签约，建议通过政府信息公开申请获取项目规划、土地等审批文件，评估协议履行可行性。
   

如有进一步细节需要分析（如协议具体条款、地方政府规定等），可直接向我提供材料继续咨询。