结论：在公司签了一年的合同中途怀孕，公司不得因此扣工资。
法律背景与依据：
孕期保护：根据《中华人民共和国劳动法》和《女职工劳动保护特别规定》，女职工在孕期享有特殊的劳动保护。用人单位不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退或解除劳动合同（除非存在严重违反规章制度等法定情形）。这一规定明确保护了女职工在孕期的合法权益，确保她们不会因为怀孕而遭受不公平的待遇。
产假与生育津贴：女职工有权享受国家规定的产假，通常为98天（包括产前检查假），难产或多胞胎等情况可延长。产假期间，女职工可领取生育津贴，由生育保险基金支付，标准通常为上年度本单位人均月缴费工资除以30再乘以产假天数。若未参加生育保险，则由单位支付。这一规定确保了女职工在产假期间的经济来源，减轻了她们的经济负担。
哺乳时间：产后返岗后，女职工每天可享受一小时的哺乳时间，直至婴儿满一周岁。多胞胎每多一个婴儿增加一小时，此时间不扣减工资。这一规定体现了对女职工哺乳权益的尊重和保护。
公司责任：
保障权益：公司必须遵守法律法规，保障女职工孕期的合法权益，不得歧视或侵害。这包括不得降低工资、不得辞退或解除劳动合同等。
调整工作：根据女职工的身体状况，公司应适当调整工作内容或安排轻便岗位，以确保女职工能够安全、健康地工作。
支付待遇：公司应按时足额支付产假期间的生育津贴及其他福利待遇，确保女职工在产假期间的经济来源不受影响。
应对建议：
及时沟通：发现怀孕后，女职工应第一时间告知公司并提交相关医疗证明，以便公司做好工作安排和调整。
了解政策：女职工应熟悉国家和地方的孕期保护政策，明确自身权益和公司义务，以便在必要时维护自己的合法权益。
保留证据：女职工应妥善保存劳动合同、工资单、医疗证明等证据，以备维权之需。这些证据在发生劳动争议时将起到关键作用。
寻求帮助：如遇权益受损，女职工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时也可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和支持。
综上所述，公司在女职工签订一年合同中途怀孕时，不得扣工资或采取其他不公平待遇。女职工应了解自己的法律权益和公司责任，并在必要时采取适当的应对措施来维护自己的合法权益。