员工发现怀孕直接走人，公司是否会扣工资，这取决于具体的情境和公司的相关规定。下面我将从不同角度为您详细分析这个问题：

1. 劳动合同与公司规定：

   • 首先，员工与公司之间的劳动关系受劳动合同及公司内部规章制度的约束。如果劳动合同或公司规定中明确规定了员工在怀孕期间离职的相关条款，那么这些条款将作为处理此类情况的基础。
   • 如果劳动合同或公司规定中并未明确说明怀孕员工离职时的工资处理方式，那么公司扣减工资的行为可能缺乏合同依据。

2. 法律法规保护：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国妇女权益保障法》，女性员工在怀孕期间享有特殊的法律保护。这些法律旨在保障女性员工的合法权益，包括工资、福利等。
   • 然而，这些法律并未直接规定怀孕员工离职时公司是否可以扣减工资。因此，在处理此类问题时，需要综合考虑劳动合同、公司规定以及相关法律法规的精神。

3. 实际情况分析：

   • 如果员工在怀孕期间因身体原因无法继续工作，且已经按照公司规定履行了请假或离职手续，那么公司通常没有理由扣减其应得的工资。
   • 但如果员工在未履行任何手续的情况下直接离职，且给公司造成了损失或违反了公司的相关规定，那么公司可能会根据劳动合同或公司规定扣减其部分工资作为赔偿或处罚。

综上所述，员工发现怀孕直接走人时，公司是否会扣工资并不是一个简单的问题。它取决于劳动合同、公司规定以及相关法律法规的综合考量。因此，建议员工在离职前与公司进行充分沟通，并了解自己的合法权益和公司的相关规定。如果有任何疑问或争议，可以及时向公司的人力资源部门咨询或寻求法律援助。同时，公司也应该遵守相关法律法规和劳动合同的规定，合理处理员工的离职事宜。