结论：用非法占用的房屋进行合法经营，这一行为本身并不直接等同于非法经营，但非法占用房屋的行为可能涉及其他法律责任，且可能影响经营活动的合法性基础。以下从不同角度进行详细分析：
非法占用房屋的法律性质：
- 非法占用房屋通常指的是未经房屋所有权人同意，擅自占有、使用或处分其房屋的行为。这种行为可能违反了《民法典》中关于物权保护的规定，即所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。非法占用房屋可能构成对所有权人权益的侵害，所有权人有权要求非法占用人停止侵害、返还房屋并赔偿损失。
合法经营的定义与要求：
- 合法经营指的是在遵守国家法律法规、行业规范及市场规则的前提下，进行的商业活动。合法经营要求经营者具备合法的经营资质、遵守相关税收法规、保障消费者权益等。
非法占用房屋与合法经营的关系：
- 从表面上看，非法占用房屋与合法经营是两个独立的行为。非法占用房屋关注的是房屋的占有和使用状态，而合法经营关注的是商业活动的合规性。然而，在实际操作中，非法占用房屋可能成为合法经营的障碍。例如，如果非法占用的房屋被要求返还，那么基于该房屋的经营活动可能被迫中断，甚至可能因违反相关法规（如未经许可占用公共空间或他人财产进行经营）而面临处罚。
可能涉及的法律责任：
- 民事责任：非法占用房屋可能构成对所有权人的侵权，需要承担停止侵害、返还房屋、赔偿损失等民事责任。
- 行政责任：如果非法占用房屋的行为违反了城市规划、土地管理等相关法规，可能面临行政处罚，如罚款、责令限期改正等。
- 刑事责任：在极端情况下，如果非法占用房屋的行为构成犯罪（如侵占罪、非法侵入住宅罪等），则可能面临刑事处罚。
对经营活动的影响：
- 即使经营活动本身是合法的，但如果其基础（即房屋的占有和使用）是非法的，那么这种合法性可能会受到质疑。例如，如果一家店铺非法占用了他人的房屋进行经营，那么即使其销售的产品或提供的服务是合法的，该店铺也可能因非法占用房屋而面临关闭或处罚的风险。
建议：
- 如果您或他人正在面临非法占用房屋的情况，并计划在此基础上进行经营活动，建议先解决房屋的合法占有和使用问题。这可能包括与房屋所有权人协商、通过法律途径解决争议或寻找其他合法的经营场所。
- 在进行任何经营活动之前，务必确保具备合法的经营资质和遵守相关法律法规，以避免不必要的法律风险。
如有任何进一步的问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。