事业单位工作人员在停工留薪期且年度考核不合格时，绩效工资的发放需结合停工留薪期待遇规定与单位绩效考核制度综合判断，具体分以下两种情况处理：

1. 若单位绩效考核制度未明确将“停工留薪期”列为考核豁免情形

根据《工伤保险条例》第三十三条，停工留薪期内原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。此处的“原工资福利待遇”通常包括基本工资、岗位工资、绩效工资等固定组成部分，但绩效工资的发放需区分“固定绩效”与“浮动绩效”：

• 固定绩效：若绩效工资属于每月固定发放的部分（如岗位绩效、基础绩效），单位应全额发放，不得因考核不合格扣减；
• 浮动绩效：若绩效工资与个人工作成果挂钩（如年终绩效、项目奖金），且单位能证明考核不合格与停工留薪期无直接关联（如考核周期覆盖停工留薪期前的工作表现），单位可依据制度扣减或不予发放。但需注意：若考核周期完全处于停工留薪期内，单位不得以“未提供劳动”为由扣减绩效，因停工留薪期是法定待遇保障期。

2. 若单位绩效考核制度明确将“停工留薪期”列为考核豁免情形

若单位制度规定“停工留薪期内不参与绩效考核，绩效工资按平均水平或固定比例发放”，则单位应按制度执行，不得以考核不合格为由扣减绩效工资。此时需核查：

• 制度是否经民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）；
• 制度是否已向员工公示或送达；
• 制度内容是否与法律法规冲突（如不得低于最低工资标准）。

关键风险提示

1. 单位不得单方降低停工留薪期待遇：即使考核不合格，单位也需先支付原工资福利待遇，再通过合法程序（如协商、调岗）调整待遇；
2. 考核结果需有证据支持：若单位以考核不合格为由扣减绩效，需提供考核周期、标准、结果的书面证据，否则可能被认定为违法克扣工资；
3. 地区差异需注意：部分省份（如江苏、广东）对停工留薪期待遇有细化规定，建议结合当地政策进一步核实。

建议行动：您可先要求单位出具绩效考核制度及扣减绩效的书面依据，若制度违法或程序不合规，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有具体材料需要分析，欢迎随时向我咨询。