有病历证明的情况下扣工资是否合法，需根据具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法扣工资的情形
病历证明不符合公司规定：
- 如果劳动者提供的病历证明不符合公司规定（如未提供完整病历、诊断证明等），或者存在虚假情况，公司有权拒绝认定病假，并据此扣发工资。这是因为公司需要确保劳动者确实处于需要病假的状态，以维护公司的正常运营秩序。
劳动合同或公司规章制度有明确规定：
- 若劳动合同或公司规章制度中明确规定了病假工资的支付方式及扣除条件，且该规定不违反法律法规，公司在劳动者病假期间可按此规定扣发工资。例如，合同中可能规定病假期间工资按一定比例支付，或者规定在某些特定情况下（如劳动者未按时提交病历证明）可以扣发工资。
二、非法扣工资的情形
劳动者已提供合法有效的病历证明：
- 若劳动者已提供合法有效的病历证明，且处于规定的医疗期内，公司无正当理由扣发工资，则属于违法行为。根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十九条，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
公司规章制度或劳动合同违反法律法规：
- 若公司规章制度或劳动合同中的规定违反了法律法规（如规定病假期间不支付任何工资），则该规定无效，公司不能据此扣发工资。在这种情况下，劳动者有权要求公司按照法律法规的规定支付病假工资。
三、维权途径与建议
与公司协商：
- 劳动者可首先尝试与公司沟通，了解扣发工资的具体原因和依据，寻求双方都能接受的解决方案。这有助于维护良好的劳动关系，避免不必要的法律纠纷。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付被克扣的工资及相应的经济补偿。劳动仲裁是一种相对快速、有效的解决劳动争议的方式。
提起诉讼：
- 对仲裁结果不满意的，劳动者还可向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。诉讼虽然相对耗时较长，但具有更强的法律效力和执行力。
总结与建议：在遇到有病历证明但公司仍扣工资的情况时，劳动者应首先确认自己的病历证明是否合法有效，并了解公司规章制度和劳动合同中关于病假工资的规定。如果认为公司扣发工资的行为违法，可以尝试与公司协商解决；协商无果的，可以申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。