结论：年后开工资扣除部分款项是否合法，需根据扣除的具体原因和性质来判断。若扣除的是法定应扣除项目或双方有明确约定且不违反法律法规的扣除，则可能是合法的；若扣除无法律依据或未经您同意，则是不合法的。
详细分析：
法定扣除项目：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在支付工资时，可以依法扣除一些项目，如个人所得税、社会保险费、住房公积金等。这些扣除是法定的，且通常会在劳动合同或相关规章制度中明确说明。
- 若超市扣除的是这些法定项目，且扣除的金额和比例符合法律法规的规定，那么这种扣除是合法的。
双方约定扣除：
- 如果您与超市在劳动合同或入职时有过明确的约定，比如关于某些特定情况下的工资扣除（如迟到、早退、旷工等），且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么超市按照约定进行扣除也是合法的。
- 但需要注意的是，这种约定必须是在您入职时或之前明确告知您的，且您对此表示同意。如果超市在事后未经您同意擅自扣除工资，那么这种扣除是不合法的。
无合法依据的扣除：
- 如果超市扣除的工资部分没有法律依据，也没有经过您的同意，比如以“过年期间休息”为由扣除工资，而双方并未就此达成过任何约定，那么这种扣除是不合法的。
- 在这种情况下，您有权要求超市补发被扣除的工资，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
建议：
- 首先，您可以与超市进行沟通，了解扣除工资的具体原因和依据。如果超市能够提供合法的扣除依据或双方有明确的约定，且您对此表示认可，那么您可以接受这种扣除。
- 其次，如果超市无法提供合法的扣除依据或未经您同意擅自扣除工资，您可以向超市提出异议，并要求补发被扣除的工资。
- 最后，如果超市拒绝补发或您与超市无法就扣除工资问题达成一致意见，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
额外提醒：
- 在签订劳动合同时，请务必仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付和扣除的部分，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果您对超市的扣除行为有任何疑问或不满，建议及时咨询专业律师或相关劳动部门，以便获得更具体的法律建议和帮助。
希望以上分析能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。