结论：即使公司处于破产程序期间且继续经营但拖欠工资，员工依然可以通过劳动仲裁程序来主张自己的劳动报酬等权益，并且劳动仲裁的裁决结果在公司破产清算程序中具有重要作用，能够保障员工的劳动债权得到优先受偿。
法律依据与分析：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条：该法明确规定了适用于用人单位与劳动者之间因劳动报酬等发生的争议。因此，当公司拖欠工资时，员工有权依据此法申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
《中华人民共和国企业破产法》相关规定：虽然公司处于破产程序期间，但员工的仲裁权利并不因此受到影响。根据该法，人民法院受理破产申请后，有关债务人的民事诉讼或仲裁应中止，待管理人接管财产后继续进行。这意味着，员工可以在公司破产管理人接管财产后，继续推进劳动仲裁程序。
仲裁的重要性与作用：
维护自身权益：劳动仲裁是解决劳动争议的法定程序，员工通过申请仲裁可以明确主张自己的劳动报酬等合法权益，仲裁机构会依据事实和法律进行公正裁决。
确定债权：劳动仲裁的裁决结果可以作为员工在公司破产清算程序中申报债权的有力证据，确保员工的债权数额得到准确确认。
优先受偿保障：在企业破产清算时，拖欠的职工工资等劳动债权在破产财产清偿顺序中是优先于普通债权受偿的。因此，申请劳动仲裁能够为员工在后续的破产清算分配中提供法律保障。
仲裁流程与注意事项：
收集证据：员工应准备劳动合同、工资条、考勤记录、工作证等能够证明与公司存在劳动关系以及工资拖欠事实的证据材料。
提交申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料的副本。
开庭审理：按时参加庭审，阐述自己的观点并出示证据，配合仲裁庭的调查与询问。
作出裁决：等待仲裁庭依法作出仲裁裁决。如对裁决不服，可在规定期限内向法院提起诉讼。
注意仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间一般为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，员工需及时行使权利，避免超过仲裁时效。
了解工资清偿顺序：虽然职工薪酬在破产清算中占优先位置，但若公司遗产不足以支付全部拖欠工资，员工可能无法全额追回。然而，员工仍可按比例分得部分赔偿，且这一比例通常高于普通债权。
特殊情况考虑：
如果公司在破产程序期间继续经营但恶意拖欠工资，员工除了申请劳动仲裁外，还可以向劳动监察部门投诉，要求对公司进行行政处罚，并追讨拖欠的工资。
如果公司破产管理人拒绝承认员工的劳动债权或存在其他争议，员工可以在劳动仲裁裁决后，向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
综上所述，面对公司破产程序期间继续经营但拖欠工资的情况，员工应积极运用劳动仲裁这一法律武器来维护自己的合法权益。在申请过程中，务必遵循仲裁流程，充分准备证据，并注意仲裁时效及工资清偿顺序等相关事项。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。