关于“刑事案件协议保留终身追究刑事责任是否有效”的问题，我的结论是：这样的协议在法律上是无效的，因为刑事责任的追究不由当事人之间的协议决定，而是由法律明确规定并由司法机关依法进行。以下从多个角度进行详细分析：

1. 刑事责任的法律性质：

   • 刑事责任是行为人因其犯罪行为所必须承受的，由司法机关代表国家所确定的否定性法律后果。它不同于民事责任，民事责任可以通过当事人之间的协议进行部分或全部的转移、免除或调整，但刑事责任具有强制性、法定性和不可协商性。
   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，刑事责任的追究必须严格依照法律规定的犯罪构成要件和刑罚种类、幅度进行，不允许当事人之间通过协议来改变或免除。

2. 协议保留终身追究刑事责任的无效性：

   • 当事人之间签订的“协议保留终身追究刑事责任”的条款，由于违反了刑事责任的法定性和不可协商性原则，因此是无效的。这种协议无法改变法律对刑事责任的规定，也无法影响司法机关对刑事责任的追究。
   • 即使双方在协议中明确约定了终身追究刑事责任的内容，该约定也不具有法律约束力。当犯罪行为发生时，司法机关将依法独立行使职权，对犯罪行为进行调查、审判和处罚，不受当事人之间协议的影响。

3. 刑事责任追究的法定程序：

   • 刑事责任的追究必须遵循法定的程序，包括立案、侦查、起诉、审判和执行等阶段。这些程序由法律明确规定，并由司法机关依法进行，确保刑事责任的追究公正、合法和有效。
   • 当事人之间的协议无法替代或改变这些法定程序。即使协议中约定了某些程序性的内容，如调查方式、审判期限等，这些约定也是无效的，因为它们违反了法律的强制性规定。

4. 实际案例与法律实践：

   • 在实际法律实践中，从未有过因当事人之间签订“协议保留终身追究刑事责任”而改变刑事责任追究的案例。司法机关在处理刑事案件时，始终坚持以法律为准绳，以事实为依据的原则，不受当事人之间协议的影响。
   • 如果当事人试图通过协议来逃避或减轻刑事责任，这种行为不仅无法达到目的，还可能构成妨碍公务、伪造证据等违法行为，受到法律的制裁。

建议：

• 对于涉及刑事责任的问题，当事人应严格遵守法律规定，不要试图通过协议或其他非法手段来逃避或减轻刑事责任。
• 如果面临刑事指控或涉嫌犯罪，应及时向司法机关投案自首，并积极配合调查和审判工作，以争取从轻或减轻处罚的机会。
• 如有任何法律疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。