结论：药品批发公司只开随货通行单而不开具税票的行为不合法，可能涉及行政违法甚至刑事犯罪风险。以下从法律责任、合规要求、实务风险三个维度展开分析：
一、法律强制性规定：必须开具税票
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十一条及《中华人民共和国发票管理办法》第十九条：
- 销售方义务：药品批发公司作为增值税一般纳税人或小规模纳税人，在销售货物时必须向购买方开具增值税发票（包括专票或普票），这是法定义务。
- 购买方权利：购买方有权要求销售方开具发票，销售方不得以任何理由拒绝（如“随货通行单已替代”“内部流程要求”等均不构成合法抗辩）。
- 例外情形：仅当购买方为个人消费者且明确放弃索票时，可不开具发票，但药品批发业务通常涉及企业间交易，不适用此例外。
二、未开具税票的违法后果
行政责任：
- 税务机关可依据《发票管理办法》第三十五条，责令限期改正，并处1万元以下罚款；
- 若存在偷逃税款行为（如未申报收入），需补缴税款、滞纳金，并处0.5倍至5倍罚款；
- 情节严重（如多次违法、拒不整改）的，可能被吊销营业执照或税务登记证。
刑事责任：
- 若未开具税票的目的是隐瞒收入、偷逃税款，且偷税数额达到10万元以上或占应纳税额10%以上，可能构成《刑法》第二百零一条的逃税罪，面临3年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；
- 若通过不开票手段虚开发票、骗取出口退税等，还可能涉及虚开发票罪、骗取出口退税罪等更严重罪名。
三、实务风险延伸
- 购买方风险：若购买方未取得税票，其进项税额无法抵扣，可能导致多缴税款；同时，若购买方为医疗机构或药店，未取得合法票据可能违反《药品管理法》对采购记录的要求，面临行政处罚。
- 行业合规风险：药品行业受严格监管，未开具税票可能被认定为“账外经营”，引发药监部门联合税务部门的双重检查，甚至被列入“失信企业”名单。
建议行动
- 对销售方：立即整改，完善开票流程，确保每笔交易均开具合法税票；若已存在未开票行为，主动向税务机关申报补缴税款，争取从轻处理。
- 对购买方：要求销售方补开发票，若对方拒绝，可向税务机关举报（举报电话12366），同时保留随货通行单、付款记录等证据，以维护自身权益。
如有进一步疑问（如具体补税计算、举报流程等），可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细方案。