工厂保安员在值班期间发生盗窃，应分以下情况处理：
若保安员是盗窃行为的实施者：
- 刑事责任：保安员利用职务之便，在值班期间实施盗窃，可能构成盗窃罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条，盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
- 民事责任：保安员还需对工厂因盗窃行为所遭受的损失承担民事赔偿责任。工厂有权要求保安员返还被盗财物或赔偿相应损失。
- 内部处理：工厂有权依据内部规章制度对保安员进行纪律处分，如解雇、罚款等。
若保安员是盗窃行为的发现者或知情者：
- 报告义务：保安员有义务立即向工厂管理层或公安机关报告盗窃事件，并保护好现场，以便后续调查。
- 协助调查：保安员应积极配合公安机关的调查工作，提供可能的线索和证据，如监控录像、目击者证言等。
- 内部责任：如果保安员因疏忽大意或故意隐瞒导致盗窃事件未能及时被发现或处理，工厂可能依据内部规章制度对其追究相应的责任。
工厂层面的应对措施：
- 加强安保：工厂应加强对保安队伍的管理和培训，提高保安员的警惕性和责任心，确保值班期间的安全。
- 完善监控：安装和完善监控设备，确保工厂内部和周边区域无死角监控，以便及时发现和制止盗窃行为。
- 制定应急预案：制定针对盗窃等突发事件的应急预案，明确报告流程、处理措施和责任分工，以便在事件发生时能够迅速、有效地应对。
建议：工厂在处理此类事件时，应确保程序合法合规，避免侵犯员工合法权益。同时，加强与公安机关的沟通协作，共同维护工厂的安全和秩序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。