在起诉“小三”但缺乏直接证据的情况下，处理方式需要结合法律程序和证据收集策略来综合判断。以下是具体分析和建议：
1. 明确起诉的法律依据和目的
- 法律依据：若以“侵犯配偶权”或“返还财产”为由起诉，需证明对方存在过错（如与配偶存在不正当关系）且因此获得财产利益。若以“重婚罪”起诉，则需证明对方与配偶以夫妻名义共同生活（刑事标准更高）。
- 目的澄清：需明确起诉目的是要求返还财产（如配偶赠与的财物）、主张精神损害赔偿，还是追究刑事责任。不同目的对证据的要求不同。
2. 现有证据的梳理与补充
- 间接证据链：即使没有直接证据（如捉奸在床、书面承认等），也可通过间接证据形成完整链条，例如：
- 配偶与第三者的亲密照片、视频、聊天记录（需证明身份真实性）；
- 配偶与第三者共同出行、居住的记录（如酒店开房记录、邻居证言）；
- 配偶为第三者大额转账、购房购车等财产转移记录（银行流水、房产登记信息）；
- 配偶书面或录音承认出轨的证据（需合法取得）。
- 证据合法性：确保证据收集方式合法（如不得通过非法侵入住宅、窃听等方式获取），否则可能被法院排除。
3. 申请法院调查取证
- 向法院申请：若部分证据（如银行流水、通信记录）由对方或第三方掌握，可向法院申请调查令，要求相关机构（如银行、通信公司）提供。
- 律师协助：律师可协助起草调查申请书，明确需要调取的具体信息及关联性，提高申请成功率。
4. 利用“举证责任倒置”原则（特定情形）
- 财产返还案件：若主张第三者返还配偶赠与的财产，可依据《民法典》第1062条（夫妻共同财产处分权），要求第三者证明其取得财产的合法性，否则推定为非法取得。
- 重婚案件：若以重婚罪起诉，需由公诉方或自诉人提供基本证据后，被告方需证明其未以夫妻名义共同生活。
5. 调解或协商解决
- 诉前调解：在起诉前，可尝试通过社区调解、律师协商等方式，要求第三者返还财产或道歉，避免诉讼成本。
- 书面协议：若协商成功，可签订书面协议并公证，增强执行力。
6. 风险提示
- 证据不足风险：若证据无法形成完整链条，法院可能驳回诉讼请求，需做好心理准备。
- 隐私保护：诉讼过程中可能涉及配偶及第三者的隐私，需谨慎处理证据公开范围。
行动建议
- 立即固定现有证据：对聊天记录、转账记录等电子证据进行公证，防止被删除或篡改。
- 委托律师介入：律师可协助分析证据效力、申请调查取证，并制定诉讼策略。
- 补充收集证据：通过合法途径（如跟踪取证需注意边界）补充关键证据，但需避免侵犯他人合法权益。
若需进一步分析具体证据或诉讼策略，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细建议。