结论：就职时旷工超过三天，两个月后用人单位是否可以处理解除劳动合同，这主要取决于用人单位的规章制度是否合法有效且明确规定了旷工三天的后果，以及用人单位在解除劳动合同时是否遵循了法定程序。若满足这些条件，用人单位可以解除劳动合同；否则，可能构成违法解除。
分析：
用人单位规章制度层面：
- 规章制度合法有效：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关司法实践，用人单位的规章制度必须经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），并向劳动者公示或告知（如组织培训、张贴公告等）。若规章制度中明确规定旷工三天属于严重违反规章制度的行为，且该规定合法有效，则用人单位可以依据此规定解除劳动合同。
- 规章制度存在瑕疵：若规章制度未经民主程序制定，或未向劳动者公示或告知，则即使劳动者旷工三天，用人单位也不能直接以严重违反规章制度为由解除劳动合同。否则，可能构成违法解除，需向劳动者支付赔偿金。
法定程序层面：
- 用人单位在解除劳动合同时，需遵循法律规定的程序，如提前通知工会（若建立了工会组织）、向劳动者送达解除通知等。若未按照法定程序进行，即使规章制度中有相关规定，也可能被认定为违法解除。
特殊情况层面：
- 如果劳动者旷工是由于不可抗力等正当理由导致的（如突发重大疾病、自然灾害等），且事后能及时向用人单位说明情况并提供相关证明，那么用人单位一般不能以此为由解除劳动合同。
时间因素：
- 旷工行为发生两个月后，用人单位是否可以处理解除劳动合同，这主要取决于用人单位的规章制度中是否对处理时限有明确规定。若规章制度中未规定处理时限，或规定的时间长于两个月，则用人单位在两个月后仍可以处理。但需注意，若旷工行为给用人单位造成了经济损失，且用人单位的规章制度中有明确规定，则用人单位可以要求劳动者承担相应的赔偿责任，这一权利并不因时间流逝而消灭。
建议：
- 用人单位：应确保规章制度的合法性与合理性，严格按照法定程序制定并公示规章制度。在解除劳动合同时，务必遵循法定程序，如通知工会、向劳动者送达解除通知等。同时，建议在规章制度中明确规定旷工行为的处理时限，以避免不必要的争议。
- 劳动者：应了解并遵守用人单位的规章制度。如遇特殊情况无法出勤，应及时向用人单位说明情况并提供相关证明。若对用人单位以旷工为由解除劳动合同的决定有异议，可以向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
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