针对您提出的“贪污款已过追诉时效怎样处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、基本原则
贪污罪过了追诉时效，通常意味着司法机关将不再通过刑事程序追究犯罪行为人的刑事责任。这是基于法律对追诉时效的明确规定，旨在保障法律的公正性和时效性。然而，在特定情形下，如已立案侦查或受理案件后逃避侦查、审判，或被害人在追诉期限内提出控告而司法机关未予立案，则不受追诉时效的限制。
二、司法处理方式
立案阶段：
- 若在立案审查过程中发现贪污案件已过追诉时效，公安机关、人民检察院等立案机关应依法作出不立案的决定，避免启动不必要的刑事立案程序。
侦查、审查起诉阶段：
- 在侦查阶段，若侦查机关发现案件已过追诉时效，应立即撤销案件，终结侦查活动。
- 在审查起诉阶段，若人民检察院经审查认定案件已过追诉时效，则应作出不起诉决定，终止刑事诉讼程序。
审判阶段：
- 若法院在审理过程中查明贪污案件已过追诉时效，应直接终止审理，不再对案件进行实体上的审理和判决。此时，法院会裁定终止审理，并宣告被告人无罪（但需注意，这里的“无罪”是基于追诉时效已过的法律判断，并非对被告人行为性质的认定）。
三、当事人权益保障
犯罪嫌疑人、被告人：
- 一旦司法机关认定案件已过追诉时效，犯罪嫌疑人、被告人将不再因该贪污犯罪行为被追究刑事责任。他们有权在诉讼过程中提出关于追诉时效的抗辩，以维护自己的合法权益。
被害人：
- 虽然案件因过追诉时效而不再追究犯罪嫌疑人、被告人的刑事责任，但被害人的合法权益仍需得到保障。被害人可以通过民事途径，如向法院提起民事诉讼，要求犯罪人返还贪污所得财物及赔偿因贪污行为所遭受的经济损失。
四、其他法律措施
- 即使不能直接通过刑事程序追究刑事责任，司法机关仍可采取其他法律手段来防止犯罪嫌疑人转移或隐匿通过贪污获得的非法利益。例如，可以依法冻结其银行账户、查封其财产等，以确保后续民事赔偿等程序的顺利进行。
五、特殊情况下的追诉
- 需要注意的是，存在以下情形时，即使已过通常的追诉时效期限，仍可对犯罪嫌疑人进行追诉：一是在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或在人民法院受理案件后，逃避侦查或审判的；二是被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的。在这些特殊情况下，追诉不受时效限制。
六、综合建议
- 处理已过追诉时效的贪污案件时，应综合考虑案件的实际情况和相关法律规定。对于具体案件的处理，建议咨询专业律师以获得更准确的法律建议和帮助。同时，也提醒广大公众要增强法律意识，遵守法律法规，共同维护社会的公平正义和法治秩序。