贪污罪已过追诉时效的，通常不再追究犯罪行为人的刑事责任，但贪污款的处理需视具体情况而定。以下是对这一问题的详细分析：

一、追诉时效的基本原则

根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，犯罪经过一定期限将不再追诉，具体期限依据法定最高刑而定：

1. 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年；
2. 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，追诉时效为十年；
3. 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，追诉时效为十五年；
4. 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉时效为二十年。若二十年后认为必须追诉，需报请最高人民检察院核准。

对于贪污罪，其追诉时效依据犯罪情节和可能判处的刑期确定。例如，贪污数额较大或有其他较重情节的，处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金，追诉时效为五年；贪污数额特别巨大并使国家和人民利益遭受特别重大损失的，处无期徒刑或死刑，追诉时效可达二十年。

二、已过追诉时效的贪污罪处理

1. 不应立案或不起诉：在公安机关、监察机关立案侦查或人民法院受理案件前发现贪污罪已过追诉时效，公安机关、监察机关不应立案，人民检察院可作出不起诉决定。
2. 撤销案件或终止审理：对已立案的案件，若发现已过追诉时效，应撤销案件或终止审理。在审判阶段，人民法院经审查确认已过追诉时效，应裁定终止审理，宣告被告人无罪，以保障其合法权益。

三、贪污款的处理

虽然贪污罪已过追诉时效，不再追究犯罪行为人的刑事责任，但这并不意味着贪污款可以不予处理。贪污款属于违法所得，依法应当予以追缴或责令退赔。具体处理方式如下：

1. 追缴：对于贪污的财物，如果尚未被挥霍或转移，司法机关可以依法追缴，并返还给被害单位或个人。
2. 责令退赔：如果贪污的财物已被挥霍或无法追缴，司法机关可以责令犯罪行为人退赔相应的款项或财物，以弥补被害单位或个人的损失。

四、特殊情况下的追诉

存在以下情形时，即使已过通常的追诉时效期限，仍可对犯罪嫌疑人进行追诉：

1. 在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或在人民法院受理案件后，逃避侦查或审判的；
2. 被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的。

在这些特殊情况下，追诉不受时效限制，体现了法律对正义的追求和对犯罪行为的严厉打击。但即便如此，对于贪污款的处理原则依然适用，即违法所得应当予以追缴或责令退赔。

五、建议与提醒

对于涉及贪污罪的案件，即使已过追诉时效，也建议相关单位或个人及时向司法机关报告，并配合处理贪污款事宜。这不仅是法律的要求，也是维护社会公平正义和道德秩序的必要举措。

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