事业单位未经批准擅自签订转让土地使用权合同的，该合同一般会被认定为无效。以下从多个角度进行详细分析：

法律背景与规定

根据《中华人民共和国民法典》以及《中华人民共和国城市房地产管理法》等相关法律法规的规定，土地使用权的转让必须遵循严格的法律程序和条件。特别是对于事业单位等国有单位，其土地使用权的转让往往还需要经过相关政府部门的批准。未经批准擅自转让土地使用权，违反了法律的强制性规定。

合同效力分析

1. 违反法律强制性规定：

   • 事业单位未经批准擅自签订转让土地使用权合同，直接违反了国家关于土地使用权转让的法律法规，特别是关于审批程序的规定。
   • 根据《民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。因此，此类合同因违反法律强制性规定而无效。

2. 损害国家利益和社会公共利益：

   • 土地使用权是国家的重要资源，其转让涉及国家利益和社会公共利益。未经批准擅自转让，可能损害国家对土地资源的合理配置和管理，也可能影响社会公共利益的实现。
   • 法院在审理此类案件时，往往会从保护国家利益和社会公共利益的角度出发，认定此类合同无效。

3. 合同形式与内容瑕疵：

   • 除了违反法律强制性规定外，未经批准擅自签订的转让土地使用权合同还可能存在合同形式不合法、内容不明确或存在欺诈、胁迫等情形。
   • 这些瑕疵也可能导致合同被认定为无效或可撤销。但在本题中，我们主要关注的是未经批准这一核心问题。

可能的法律后果

1. 合同无效：

   • 一旦合同被认定为无效，那么自始至终都没有法律约束力。双方因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。
   • 有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

2. 行政处罚：

   • 事业单位未经批准擅自转让土地使用权，还可能面临相关政府部门的行政处罚，如罚款、没收违法所得等。

3. 刑事责任：

   • 在极端情况下，如果事业单位的行为构成犯罪（如非法转让土地使用权罪），还可能承担刑事责任。

建议与措施

1. 严格遵守法律法规：

   • 事业单位在转让土地使用权时，必须严格遵守国家法律法规的规定，确保转让行为合法合规。

2. 及时办理审批手续：

   • 在签订转让合同前，应先向相关政府部门申请批准，确保转让行为获得合法授权。

3. 咨询专业律师：

   • 在涉及土地使用权转让等复杂法律问题时，建议咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保护。不过，在这里你已经找到了我，解媛律师，专注于刑事辩护、死刑辩护、离婚、法律顾问、房产纠纷、合同纠纷领域，有问题可以直接向我咨询。

综上所述，事业单位未经批准擅自签订转让土地使用权合同的，该合同一般会被认定为无效。因此，事业单位在转让土地使用权时，必须严格遵守国家法律法规的规定，确保转让行为合法合规。