在刑事申诉过程中，如果原刑事卷宗里的鉴定机构没有包含某些证据，一般情况下，鉴定机构在申诉阶段是不能直接补充这些证据的。但具体能否补充，需视情况而定。以下从不同角度进行分析：

一、鉴定机构在申诉阶段的角色与限制

鉴定机构在刑事案件中主要负责根据委托对专门性问题进行鉴定，并出具鉴定意见。这些鉴定意见是案件证据的一部分，对案件的审理和判决具有重要影响。然而，鉴定机构并不是证据的收集者或保管者，其职责仅限于对已有证据进行鉴定。在申诉阶段，如果原鉴定机构没有包含某些证据，这通常意味着这些证据在原审阶段未被提交或未被采纳。此时，鉴定机构本身并不能直接补充这些证据，因为其没有收集或保管这些证据的权限。

二、申诉阶段证据补充的途径

1. 当事人或辩护人提交新证据：

   • 在申诉阶段，当事人或其辩护人可以向法院提交新的证据，以支持其申诉请求。这些新证据可以是之前未被发现、未被提交或未被采纳的证据。
   • 如果新证据涉及需要鉴定的专门性问题，当事人或辩护人可以委托新的鉴定机构进行鉴定，并将鉴定意见作为新证据提交。

2. 法院依职权调查取证：

   • 在某些情况下，法院可能依职权对案件进行调查取证，以查明案件事实。这包括对之前未被提交或未被采纳的证据进行重新审查或鉴定。
   • 如果法院认为有必要，可以委托鉴定机构对相关证据进行鉴定，并将鉴定意见作为案件审理的依据。

三、特殊情况下的证据补充

• 如果原鉴定机构在原审阶段存在疏忽或错误，导致某些证据未被鉴定或鉴定意见不准确：
  • 在这种情况下，当事人或辩护人可以在申诉阶段提出异议，并要求法院对原鉴定意见进行重新审查或委托新的鉴定机构进行重新鉴定。
  • 但这并不意味着原鉴定机构可以直接在申诉阶段补充证据，而是需要通过法院的重新审查或委托新的鉴定机构来实现。

四、法律建议

• 对于当事人或辩护人而言：

  • 在申诉阶段，应积极收集和提交新的证据，以支持其申诉请求。
  • 如果认为原鉴定意见存在疏忽或错误，应及时向法院提出异议，并要求重新审查或重新鉴定。

• 对于法院而言：

  • 在审理申诉案件时，应认真审查当事人或辩护人提交的新证据，并依职权对案件进行必要的调查取证。
  • 如果认为原鉴定意见存在疑问或需要进一步查明案件事实，可以委托新的鉴定机构进行重新鉴定。

综上所述，鉴定机构在申诉阶段一般不能直接补充原刑事卷宗里没有的证据。但当事人或辩护人可以通过提交新证据或要求法院重新审查、重新鉴定等方式来补充和完善案件证据。如果你在这方面还有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。