结论：工程保证金由分公司代收，分公司开收据并盖分公司财务章，这一行为在法律上是否合法，需结合具体情况分析，但一般情况下，若分公司具备相应授权且行为符合公司规定，该行为是合法的。
分析说明：
分公司法律地位：
- 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，但其可以在总公司的授权范围内从事经营活动。
- 分公司可以以自己的名义签订合同、开具发票等，但这些行为的法律后果最终由总公司承担。
代收工程保证金的合法性：
- 如果总公司授权分公司代收工程保证金，并且这一行为符合总公司的内部规定和流程，那么分公司代收工程保证金是合法的。
- 代收行为本身并不违反法律法规，关键在于是否有合法授权和是否符合公司规定。
分公司开收据并盖分公司财务章的合法性：
- 分公司作为总公司的分支机构，有权使用自己的财务章进行财务活动，包括开具收据。
- 如果分公司代收工程保证金的行为是合法的，那么它开具收据并盖分公司财务章也是合法的，这可以作为收款的有效凭证。
潜在风险与注意事项：
- 尽管上述行为在一般情况下是合法的，但仍需注意总公司对分公司的授权范围和期限，确保分公司行为不超出授权范围。
- 分公司应建立健全的财务管理制度，确保代收款项的及时、准确入账，并避免出现挪用、侵占等违法行为。
- 如果发生纠纷或争议，应及时与总公司沟通并寻求法律支持，以维护自身合法权益。
行动建议：
- 如果您是总公司，建议明确授权分公司代收工程保证金的范围和期限，并加强对分公司的财务管理和监督。
- 如果您是分公司，建议在代收工程保证金前确认已获得总公司的合法授权，并严格按照公司规定和流程进行操作。
- 如果在操作过程中遇到任何法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取法律支持和建议。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。
- 在实际操作中，分公司可以在总公司的授权范围内从事经营活动，包括代收款项等财务活动。但需注意遵守相关法律法规和公司规定，确保行为的合法性和合规性。