土地承包合同的底案通常保存在以下几个部门，具体取决于合同的类型和签订阶段：
农村土地承包管理部门：
- 在农村土地承包合同签订后，按照相关规定，合同需要报送给当地的农村土地承包管理部门进行备案。这个部门通常是县级或乡级的人民政府农业行政主管部门（或农村经营管理部门）。它们负责管理和监督农村土地承包合同的签订和执行，因此会保留合同的底案。
村委会或村集体经济组织：
- 在土地承包合同签订过程中，村委会或村集体经济组织往往作为发包方参与其中。因此，它们也会保留一份合同的底案，以作为管理和监督土地承包情况的依据。
承包方（农户或个人）：
- 承包方在签订土地承包合同后，也会保留一份合同作为自己的权益证明。虽然这不属于“部门”的范畴，但承包方手中的合同同样是重要的底案之一。
针对您可能关心的几个问题，我进一步说明如下：
如何查询土地承包合同的底案：
- 如果您需要查询土地承包合同的底案，可以先联系当地的农村土地承包管理部门或村委会，了解具体的查询流程和所需材料。通常，您需要提供身份证明和与合同相关的证明材料（如土地承包经营权证等）。
土地承包合同底案的重要性：
- 土地承包合同底案是证明土地承包关系的重要法律文件。在发生土地纠纷或需要证明土地承包权益时，底案可以作为重要的证据。因此，建议您妥善保管自己的合同副本，并在需要时及时查询和复印相关部门的底案。
如果土地承包合同丢失或损坏怎么办：
- 如果您的土地承包合同丢失或损坏，您可以联系当地的农村土地承包管理部门或村委会，申请补办或复印合同底案。在申请过程中，您可能需要提供身份证明、土地承包经营权证等相关材料，并按照规定的流程进行办理。
最后，我想提醒您的是：土地承包合同是农村土地承包关系的重要法律凭证，它关系到您的切身利益。因此，在签订、保管和查询合同底案时，请务必谨慎对待，确保自己的权益得到充分保障。如果您在土地承包合同方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。