村里土地承包协议一般存放在以下部门：

首先，农村集体土地承包协议主要由乡镇街道经济管理统计站进行保存。这是合同管理的重要环节，确保协议的安全与完整性。同时，村委会也会备份并保管相关文件，作为当地行政单位，村委会在土地承包协议的管理中扮演着重要角色。

其次，承包方即农户也会持有一份协议。根据合同约定，甲乙双方（甲方为村委会，乙方为承包户）必须各自保留一份完整的协议文档以备查验。这样，无论是村委会还是承包户，都能在需要时方便查阅协议内容。

此外，县级以上地方农业行政主管部门也负责管理农村土地承包经营权证登记簿、承包合同登记及其他登记材料。根据《农村土地承包经营权证管理办法》的规定，农村土地承包方有权查阅、复制农村土地承包经营权证登记簿和其他登记材料，县级以上农业行政主管部门不得限制和阻挠。

综上所述，村里土地承包协议一般存放在乡镇街道经济管理统计站、村委会以及承包方（农户）手中。同时，县级以上地方农业行政主管部门也负责管理相关的登记材料。这些存放和管理方式确保了土地承包协议的合法性和有效性，也保障了承包双方的权益。