原配在法院起诉要求返还相关款项是合理的，但能否得到法院支持需分情况讨论：

1. 若借款被认定为夫妻共同财产
   根据《民法典》第1062条，婚姻关系存续期间取得的财产原则上属于夫妻共同财产，双方享有平等处理权。若男方用夫妻共同财产向“小三”转账（如工资、经营收益等），原配可主张该行为未经其同意，属于无权处分。此时，法院可能依据《民法典》第153条（违背公序良俗的民事法律行为无效）或第1060条（日常家事代理权范围）认定转账无效，判决“小三”返还全部或部分款项。

2. 若借款被认定为男方个人财产
   若男方使用婚前个人财产、明确赠与“小三”的财产（如单独所有房产出售款），或原配无法证明款项来源为夫妻共同财产，则原配的返还请求可能被驳回。但需注意，若“小三”明知男方已婚仍接受大额财物，可能被认定为恶意第三人，法院可能酌情支持返还。

3. 关键证据与诉讼策略

   • 证据收集：原配需提供转账记录、银行流水（证明款项来源为夫妻共同财产）、男方与“小三”的亲密关系证据（如聊天记录、同居证明）等。
     
   • 诉讼主体：原配应以自己名义起诉“小三”，列男方为第三人，或直接起诉男方及“小三”共同返还。
     
   • 时效限制：诉讼时效为3年，自原配知道或应当知道权利受损之日起计算。

4. 例外情形
   若“小三”能证明转账系借款（如签订借条、约定利息），则可能被认定为民间借贷关系，原配仅能要求返还借款本金及合理利息，但需以夫妻共同财产为限。若男方已离婚，原配需在离婚后1年内提起撤销赠与之诉（依据《民法典》第1092条）。

建议：原配应尽快固定证据（如公证转账记录、收集“小三”身份信息），并向法院申请财产保全，防止“小三”转移资产。具体操作需结合个案细节，如有疑问可直接向我咨询。