关于运行班休息日加班工资的计算问题，需结合我国《劳动法》《劳动合同法》及相关司法解释综合判断，具体分以下两种情形分析：

1. 休息日安排工作但未调休的情形
   根据《劳动法》第44条第二项，若用人单位在休息日（如周六、日）安排劳动者工作且未安排补休，应支付不低于工资的200%作为加班费。
   计算方式为：月工资÷21.75天（月计薪天数）×200%×加班天数。例如，月工资6000元，休息日加班1天且未调休，加班费为6000÷21.75×2≈551.72元。

2. 休息日安排工作且已调休的情形
   若用人单位在休息日安排工作后，已安排补休（如后续安排劳动者休息同等时长），则无需支付加班费。但需注意：

• 调休需在合理期限内安排（通常为当月或次月），逾期未调休仍需支付加班费；
  
• 调休需劳动者书面确认，避免口头约定引发纠纷。

特殊提醒：

• 若劳动者岗位适用不定时工作制（如高管、外勤人员），需经劳动行政部门审批，且休息日工作一般不视为加班（但法定节假日工作仍需支付300%工资）；
  
• 实践中部分企业以“值班”名义规避加班费，需结合工作强度、内容判断是否属于实质加班（如仅需接听电话的值班可能按较低标准支付）。

建议：

1. 保留考勤记录、加班通知等证据；
   
2. 若用人单位拒付加班费，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
   
3. 涉及复杂工时制度（如综合计算工时制）时，建议携带劳动合同、工资条等材料进一步咨询。
   

如有其他细节需补充（如劳动合同约定、行业特殊性等），可随时告知，我会结合具体情况进一步分析。