一个企业使用两种合同是否违法，需根据具体情况分析，不能一概而论。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、一般不违法的情况
商业合作与业务标准化需求
- 在正常的商业活动中，企业可能因不同的交易对象、时间、地点等因素，签订内容相同或相似的合同。例如，企业与不同经销商签订的销售合同，虽然主要条款相同，但每份合同都是独立的商业交易，不构成违法。
- 为提高交易效率和管理便利性，企业常采用标准化的合同模板。如大型连锁企业与众多供应商签订的采购合同，使用统一模板，在关键条款上基本一致。只要合同签订基于双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定，即为合法有效。
针对不同业务或客户群体的定制化合同
- 企业可能根据业务需求或客户群体的不同，制定不同类型的合同。例如，对于长期合作的大客户，企业可能提供更为优惠的合同条款；而对于短期或一次性交易的客户，则采用标准合同。这些合同虽然形式或内容上有所差异，但都是基于合法的商业考虑，不构成违法。
内部管理合同与外部交易合同
- 企业可能同时存在内部管理合同（如员工劳动合同、保密协议等）和外部交易合同（如销售合同、采购合同等）。这些合同针对不同的法律关系和主体，内容自然不同，但都是企业合法经营所必需的，不构成违法。
二、可能违法的情况
恶意串通损害他人利益
- 如果企业与不同主体签订相同或相似的合同，目的是通过虚假交易转移财产、逃避债务或谋取其他非法利益，并损害了国家、集体或第三人利益，则可能构成违法，甚至涉及刑事犯罪。例如，为逃避债权人追债，企业与关联方签订虚假买卖合同，转移资产至关联方名下。
违反反垄断或反不正当竞争法律规定
- 在特定行业中，企业通过签订相同或相似的合同实施垄断行为或进行不正当竞争，可能受法律制裁。如多家竞争对手签订固定价格、划分市场等限制竞争的协议，即违反反垄断法相关规定。
合同内容不实或规避法律责任
- 如果企业签订的两份合同内容虽然不同，但出于规避法律责任（如社保缴纳、加班费支付等）或侵害劳动者权益等目的，则可能构成违法行为。例如，企业与员工签订两份劳动合同，一份用于应付劳动监察部门的检查，另一份则实际履行，且实际履行的合同中剥夺了员工的合法权益。
三、特殊情形下的双重劳动关系与合同
- 在某些情况下，如非全日制用工或特定行业（如演艺界），可能存在双重甚至多重劳动关系。这些情形下，企业与员工签订多份劳动合同可能是合法的，但需确保每份合同都符合相关法律法规的要求，且不得损害员工的合法权益。
四、合规建议
明确合同目的和内容
- 企业在签订合同时，应明确合同的目的和内容，确保合同的合法性和有效性。避免利用合同进行恶意串通、损害他人利益或违反相关法律法规的行为。
规范合同管理
- 建立完善的合同管理制度，确保合同的签订、执行和变更都符合法律法规的要求。定期对合同进行审查和更新，及时发现和解决潜在的法律风险。
保障员工权益
- 如果企业涉及与员工签订劳动合同的情况，应确保员工的合法权益得到充分保障。如合理安排工作时间、按时足额支付工资、提供必要的劳动保护等。加强与员工的沟通和协商，及时解决员工关心的问题和诉求。
总结来说，一个企业使用两种合同是否违法，取决于合同的具体内容、签订目的以及是否违反相关法律法规的强制性规定。企业在签订合同时应谨慎行事，确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。