结论：在刑事案件开庭时，若未让被害人质证证据，最终撤销抵押权，这一程序可能存在违法性，但具体是否违法需结合案件具体情况及法律规定综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、程序违法性的初步判断
质证权的重要性：
- 在刑事诉讼中，质证权是被告人和被害人的一项基本诉讼权利。它确保了诉讼的公正性和透明度，使得控辩双方能够就证据的真实性、合法性和关联性进行充分的辩论和质证。
- 若未让被害人质证证据，可能剥夺了被害人的诉讼权利，影响了案件的公正审理。
抵押权撤销的法律依据：
- 抵押权的撤销通常与民事法律关系相关，如《民法典》中关于抵押权的规定。但在刑事案件中，若抵押权的撤销与案件事实或法律适用直接相关，则可能成为刑事诉讼的一部分。
- 若抵押权的撤销是基于刑事判决或裁定，且该判决或裁定未经过被害人的质证，则可能存在程序违法性。
二、具体情境下的分析
抵押权撤销与刑事案件的直接关联性：
- 若抵押权的撤销是刑事案件的直接结果，如因犯罪行为导致抵押物被非法处置或抵押权被非法设立，则抵押权的撤销应作为刑事诉讼的一部分进行审理。
- 在此情况下，未让被害人质证证据可能构成程序违法，因为被害人的质证权对于查明案件事实、保护其合法权益至关重要。
抵押权撤销与刑事案件的间接关联性：
- 若抵押权的撤销与刑事案件无直接关联，而是基于独立的民事法律关系，则刑事案件的审理程序可能不直接涉及抵押权的撤销问题。
- 但即便如此，若刑事案件的审理结果（如犯罪行为的认定）对抵押权的撤销产生间接影响，且该影响未经过被害人的质证或参与，也可能引发程序合法性的争议。
三、法律后果与救济途径
法律后果：
- 若程序违法，可能导致刑事判决或裁定的部分或全部内容被撤销或改判。
- 被害人可能因此遭受经济损失或其他合法权益的侵害。
救济途径：
- 被害人可以向上一级人民法院提出上诉或申诉，要求撤销或改判原判决或裁定。
- 在民事法律关系中，被害人还可以通过提起民事诉讼来维护自己的合法权益，如请求确认抵押权的无效或请求赔偿损失等。
四、建议与注意事项
对于被害人：
- 在刑事案件审理过程中，应积极行使自己的诉讼权利，包括质证权、申请权等。
- 若发现程序违法或自己的合法权益受到侵害，应及时向法院提出异议或申请救济。
对于法院和律师：
- 法院在审理刑事案件时，应严格遵守法定程序，确保诉讼参与人的诉讼权利得到充分保障。
- 律师在代理刑事案件时，应积极为当事人争取合法权益，包括提醒当事人行使质证权等诉讼权利。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此无法一概而论地判断程序是否违法。若您遇到类似情况，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。