结论：在民间借贷中，若借款人套取金融机构资金后，又用自己的自有资金还款，借条是否还可以主张，需分情况讨论。

1. 若套取金融机构资金的行为未被认定为违法或犯罪，且还款行为真实有效：

   • 在这种情况下，借款人虽然最初套取了金融机构的资金，但后续用自己的自有资金进行了还款，这表明借款人实际上已经履行了还款义务。然而，借条作为借贷关系的直接证据，其法律效力并不因还款资金的来源而自动失效。
   • 如果出借人仍然持有借条，并且借条上的内容清晰、明确，没有违反法律法规的强制性规定，那么出借人理论上仍然可以依据借条主张其权利，比如要求确认借贷关系的存在、要求借款人确认还款情况等（但通常已无实际金钱给付请求权）。不过，在实际操作中，由于借款人已经还款，出借人再主张借条可能更多是为了确认借贷关系的终结或作为其他法律行为的证据，而非直接要求还款。
   • 特殊情况：如果借条中明确约定了还款方式、还款期限等特定条款，且借款人未按照这些条款履行（尽管最终用自有资金还款了，但可能违反了如分期还款等约定），出借人仍可能依据借条中的这些特定条款主张权利。

2. 若套取金融机构资金的行为被认定为违法或犯罪：

   • 如果借款人套取金融机构资金的行为被认定为违法（如违反金融管理法规）或犯罪（如贷款诈骗罪），那么这一行为可能影响到借贷合同的效力。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。
   • 在这种情况下，即使借款人后来用自己的自有资金进行了还款，借条也可能因为借贷行为的违法性而部分或全部无效。出借人可能无法再依据借条主张其权利，甚至可能面临法律责任，如因参与违法借贷行为而受到处罚。
   • 进一步分析：如果出借人对借款人套取金融机构资金的行为不知情，且出借行为本身合法，那么出借人可能在一定程度上免受借款人违法行为的牵连。但具体是否免责，还需根据案件的具体情况和相关法律法规进行判断。

法律建议：

• 对于借款人而言，应遵守法律法规，避免套取金融机构资金进行民间借贷，以免陷入法律纠纷。
• 对于出借人而言，在出借资金前应充分了解借款人的信用状况和还款能力，并谨慎审查借贷合同的条款，确保借贷行为的合法性。
• 如果双方已经发生了借贷行为，并且借款人已经还款，但出借人仍然持有借条并希望主张权利，建议双方先进行协商，明确借贷关系的现状和双方的权利义务。如果协商不成，可以寻求法律途径解决争议。

可能法律后果：

• 如果借贷行为被认定为违法或犯罪，双方可能面临法律责任，包括罚款、没收违法所得、刑事处罚等。
• 如果借贷行为合法但存在争议，双方可能需要通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议，这可能会耗费双方的时间和金钱。