在刑事案件中，手机扣押程序是一个严谨且公正的法律过程，它主要遵循以下步骤和原则：
一、扣押原因与条件
公安机关在侦查刑事案件时，若发现手机内存有与案件直接相关的电子数据，如通话记录、短信、照片、视频、微信聊天记录等，这些数据可能作为潜在的证据使用，因此公安机关有权依法对手机进行扣留。
二、扣押程序
出示证件与通知：
- 公安机关在实施扣押时，必须出示执法身份证件，以证明其扣押行为的合法性。
- 同时，公安机关会通知当事人到场，确保扣押过程的透明性和公正性。
告知权利与救济：
- 公安机关会明确告知当事人扣押的理由、法律依据以及当事人的权利与救济途径，如申辩权、申请行政复议或提起行政诉讼等。
制作与交付决定书：
- 公安机关会制作查封、扣押决定书，详细列明扣押的手机型号、IMEI号、扣押时间、地点等信息。
- 同时，会交付一份决定书给当事人，作为扣押行为的法律凭证。
清单制作与签名：
- 公安机关会会同在场见证人和手机持有人查点清楚扣押的手机，并当场开列清单。
- 清单上会详细记录手机的状况、扣押时间、地点等信息，并由相关人员签名或盖章确认。
三、扣押期限
- 在刑事案件中，虽然法律没有明确规定具体的扣押期限，但一旦确认手机与案件无关，公安机关应在三日内解除扣押，并及时归还给当事人。
- 若手机与案件相关，且需要作为证据使用，则扣押期限会持续至案件审结为止。但在此期间，公安机关会妥善保管手机，确保其不被损坏、丢失或篡改。
四、后续处理
数据提取与保存：
- 扣留后，公安机关会依法对手机内的数据进行检查、提取和保存，以确保数据的完整性和安全性。
- 提取的数据若与案件相关，将作为证据使用，并在庭审过程中进行展示和说明。
归还与没收：
- 若手机与案件无关或已完成证据提取，公安机关会及时归还给当事人，并确保手机完好无损。
- 若手机被认定为犯罪所得赃物或用作实施犯罪的作案工具，如诈骗、联络犯罪等，法院在判决时通常会作出没收的决定，并依法上缴国库或进行其他处理。
五、当事人权利与救济
在整个处理过程中，当事人享有知情权、申辩权以及申请救济的权利。若认为公安机关的处理不当，可以依法申请行政复议、提起行政诉讼或向相关部门投诉，以维护自身合法权益。
综上所述，刑事案件中的手机扣押程序是一个严格遵循法律规定的公正过程。公安机关在扣押手机时，必须出示证件、通知当事人、告知权利与救济途径，并制作详细的扣押决定书和清单。同时，公安机关会妥善保管扣押的手机，确保其不被损坏、丢失或篡改。若手机与案件无关或已完成证据提取，公安机关会及时归还给当事人；若手机被认定为犯罪所得或作案工具，则可能依法被没收。在整个过程中，当事人享有充分的权利与救济途径。