刑事案件中，检察院扣押手机的处理方式主要取决于手机与案件的关联性。具体分析如下：
一. 手机与案件有关联
- 作为证据随案移送：若手机中的数据、信息或与案件事实有直接关联，能够证明犯罪嫌疑人的犯罪行为等关键要素，该手机将作为重要物证随案移送。检察院会进一步审查核实手机中的证据，以确保其真实性、合法性和关联性，为后续的法庭审判阶段做准备。
- 依法没收：若手机被认定为犯罪工具，如在犯罪活动中用于组织、策划、实施等，根据法律规定，手机可能会在案件判决生效后被依法没收上缴国库。
二. 手机与案件无关联
- 解除扣押并退还：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十五条的规定，如果检察院审查核实后认为手机与案件没有关联，应当在三日内解除扣押，并通知手机所有人前来办理退还手续。
当事人的权利
- 了解案件进展：当事人有权了解案件的进展情况，包括手机等财物的处理情况。
- 申请解除扣押：如果当事人认为手机与案件无关联，可以向检察院提出申请，要求解除扣押并退还手机。
- 维护合法权益：如果当事人认为自己的合法权益受到侵害，如手机被错误扣押或未按时退还等，可以通过法律途径进行申诉或维权。
总结
综上所述，刑事案件中检察院扣押手机的处理方式需严格遵循法律规定，并根据手机与案件的关联性进行相应处理。当事人在整个过程中应了解自己的权利和义务，积极配合调查工作，并关注案件进展及手机等财物的处理情况。如有进一步需要，您可以继续咨询我。