事业编人员担任局机关内设股室负责人，在符合相关法律法规和单位规定的前提下，是合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律法规层面
公务员法及相关规定：
- 公务员法主要规范的是公务员的职务、职级、权利义务等，对于事业编人员担任行政机关内设机构负责人，并未直接作出禁止性规定。
- 关键在于是否违反了“公务员法”中关于公务员职务任用的特定规定，如是否涉及“公务员调任”等程序。若事业编人员通过合法程序（如调任、公开选拔等）进入公务员队伍并担任相应职务，则符合法律规定。
事业单位人事管理条例：
- 事业单位人事管理条例主要规范事业单位工作人员的人事管理，包括岗位设置、聘用合同、考核培训等。
- 对于事业编人员担任行政机关内设机构负责人，若该行为不违反事业单位人事管理条例中关于人员流动、岗位聘用的规定，且得到了相关部门的批准，则可以是合法的。
二、单位规定与内部管理层面
单位内部规定：
- 不同单位可能有不同的内部规定，关于事业编人员能否担任行政机关内设机构负责人，需查阅具体单位的规章制度。
- 若单位内部规定允许或未明确禁止此类行为，且事业编人员符合担任该职务的条件（如学历、工作经验、能力等），则可以是合法的。
内部管理程序：
- 即使法律法规和单位规定未明确禁止，事业编人员担任行政机关内设机构负责人也可能需要经过一定的内部管理程序，如民主推荐、组织考察、公示等。
- 若这些程序得到妥善执行，且事业编人员最终被任命为负责人，则该行为在内部管理层面也是合法的。
三、实际操作与风险防范
实际操作中的合规性：
- 在实际操作中，事业编人员担任行政机关内设机构负责人需确保所有程序合法合规，包括但不限于调任程序、岗位聘用程序等。
- 需避免出现违规操作，如未经批准擅自担任、利用职权谋取私利等。
风险防范：
- 事业编人员和所在单位应共同防范法律风险，确保任命行为不违反任何法律法规和单位规定。
- 可通过咨询法律专业人士、进行合规性审查等方式来降低风险。
四、特殊情况与例外
- 在某些特殊情况下，如机构改革、人员调整等，事业编人员可能临时或长期担任行政机关内设机构负责人。这种情况下，需特别关注相关法律法规和单位规定的适用性和合规性。
- 若存在例外情况或特殊政策允许此类行为，也需确保这些例外或政策有明确的法律依据和政策支持。