违规注资国企的处理方式需根据具体违规情形、主体身份及法律后果综合判定，主要涉及行政处罚、民事责任及刑事追责三个层面。以下分情况说明：

一、行政责任层面：监管部门介入与处罚

1. 违规主体为国企内部人员
   若国企管理人员或员工利用职务便利，通过虚构交易、虚增资产等方式违规注资，可能触犯《企业国有资产监督管理暂行条例》第四十条，由国资监管部门责令改正，追回违规所得，并视情节对直接责任人员给予警告、降级、撤职等处分；造成国有资产损失的，还需承担赔偿责任。

2. 违规主体为外部投资者
   若外部投资者通过非公开协议、虚假评估等方式违规向国企注资，可能违反《企业国有资产交易监督管理办法》第三十二条，国资监管部门可要求其停止违规行为、限期整改，并处以警告、罚款（罚款金额通常为违规所得1-5倍）；情节严重的，可撤销注资行为，恢复国企原状。

二、民事责任层面：合同效力与赔偿

1. 注资合同效力问题
   若违规注资行为违反法律强制性规定（如《公司法》关于出资形式、程序的规定），注资合同可能被认定为无效或可撤销。此时，国企有权要求注资方返还已注入资产，并赔偿因合同无效导致的损失（如评估费、交易成本等）。

2. 损害国企利益时的赔偿
   若违规注资导致国企资产贬值、经营受损，国企可依据《民法典》第一百八十六条，要求注资方承担侵权责任，赔偿实际损失（包括直接损失与可得利益损失）。若涉及多方共谋，注资方需承担连带赔偿责任。

三、刑事责任层面：构成犯罪的追责

1. 背信损害上市公司利益罪
   若违规注资对象为上市公司国企，且注资方为上市公司董事、监事、高级管理人员或控股股东，通过违规注资损害上市公司利益，可能触犯《刑法》第一百六十九条之一，处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；致使上市公司利益遭受特别重大损失的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

2. 违规披露、不披露重要信息罪
   若违规注资过程中，国企或注资方故意隐瞒注资真实情况（如虚假评估、虚构交易），导致信息披露不实，可能触犯《刑法》第一百六十一条，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；情节特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

3. 其他关联犯罪
   若违规注资涉及行贿、受贿、挪用资金等行为，可能同时触犯《刑法》第三百八十五条（受贿罪）、第三百八十九条（行贿罪）、第二百七十二条（挪用资金罪）等，需根据具体行为定性并数罪并罚。

实务建议

1. 国企应对措施：发现违规注资后，应立即启动内部调查，固定证据（如合同、转账记录、评估报告等），并向国资监管部门报告；必要时可申请司法鉴定或提起民事诉讼。
   
2. 注资方应对措施：若被认定为违规，应主动配合调查，积极协商赔偿或整改方案，以减轻行政或刑事责任；若认为自身行为合法，可委托律师提出行政复议或刑事辩护。
   

如有具体案件细节（如注资方式、主体身份、损失金额等），可进一步向我咨询，我将结合证据材料提供针对性法律意见。