针对违规办企业投入的股本处理问题，需结合违规性质、法律后果及具体情形综合判断，以下是具体分析：
若违规行为涉及行政违法（如未依法登记、超范围经营等）
- 股本处理原则：行政机关通常不会直接没收股本，但可能责令企业整改、补办手续或处以罚款。若企业被强制关停，股东需通过清算程序分配剩余资产，股本可能因亏损或债务优先清偿而缩水。
- 法律依据：根据《公司法》第198条，虚报注册资本、提交虚假材料等行为，由公司登记机关责令改正，处以罚款；情节严重的，撤销公司登记或吊销营业执照。
- 建议行动：立即停止违规行为，补办合法手续（如工商登记、行业许可），避免行政处罚扩大损失；若已受处罚，需评估企业是否具备继续经营条件，再决定是否清算或重组。
若违规行为构成刑事犯罪（如非法集资、诈骗等）
- 股本处理原则：股本可能被认定为违法所得或赃款，依法予以追缴或没收。例如，在非法集资案件中，股东投入的股本若来源于集资款，可能被全额追缴；若股本已用于企业运营，可能按比例返还集资参与人。
- 法律依据：根据《刑法》第64条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。
- 建议行动：立即委托律师介入，评估刑事风险；若已被立案侦查，股东需配合调查，主动说明资金来源及用途，争取从轻处理；同时，可申请保留必要生活费用或合法财产部分。
若违规行为导致合同无效（如以合法形式掩盖非法目的）
- 股本处理原则：根据《民法典》第157条，合同无效后，因该合同取得的财产应当返还；不能返还或没有必要返还的，应当折价补偿。股东投入的股本可能因企业非法经营而无法返还，需按过错比例分担损失。
- 案例参考：若企业因从事赌博、传销等非法活动被认定无效，股东投入的股本可能被认定为“非法财产”，不予返还；若企业仅因程序违规（如未审批）被认定无效，股东可要求返还股本并主张利息损失。
- 建议行动：收集证据证明股本来源合法（如转账记录、出资协议），向法院或仲裁机构主张返还；若企业已产生债务，需优先清偿债权人后，再分配剩余资产。
总结建议：违规办企业的股本处理需以“合法性”为核心，优先区分行政违法、刑事犯罪或民事无效情形。股东应立即停止违规行为，委托律师评估法律风险，通过合法途径（如补办手续、清算、刑事辩护）最大限度减少损失。若涉及复杂股权结构或跨领域违规（如环保、税务），需进一步分析具体行业法规，制定针对性方案。