迟到扣款是否有法律依据，需根据具体情况分析。

1. 劳动合同有明确规定：

   • 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了迟到扣款的相关条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位依据劳动合同对劳动者进行迟到扣款是有法律依据的。
   • 在此情况下，扣款金额、扣款方式等也应按照劳动合同的约定执行，确保合法合规。

2. 劳动合同无明确规定或规定违法：

   • 如果劳动合同中没有明确约定迟到扣款的相关条款，或者虽然约定了但违反了法律法规的强制性规定（如扣款金额过高、扣款方式不合理等），那么用人单位对劳动者进行迟到扣款就缺乏法律依据。
   • 在此情况下，劳动者可以依法维护自己的合法权益，向用人单位提出异议或向劳动监察部门投诉。

3. 用人单位规章制度规定：

   • 除了劳动合同外，用人单位的规章制度也可能对迟到扣款作出规定。但规章制度的制定和修改必须遵守法律法规的规定，且需经过民主程序并公示或告知劳动者。
   • 如果规章制度中关于迟到扣款的规定合法有效，且劳动者已知悉并同意该规定，那么用人单位依据规章制度对劳动者进行迟到扣款也是有一定法律依据的。

综上所述，迟到扣款是否有法律依据取决于劳动合同、用人单位规章制度的具体规定以及这些规定是否合法合规。因此，在处理迟到扣款问题时，应首先审查相关规定的合法性，并据此作出判断。如有任何疑问或争议，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。