迟到扣工资的合法性需根据具体情况综合判断，关键在于用人单位的规章制度、扣薪标准的合理性以及是否存在特殊情况。以下从多个角度为你详细分析：
合法情况
规章制度合法有效
- 用人单位必须依法制定规章制度，明确将迟到列为违纪行为，并规定合理的扣薪标准。规章制度的制定需经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并进行公示或告知劳动者。例如，公司通过员工大会讨论并通过了迟到扣薪的规定，且将规定张贴在公司公告栏，员工均已知晓。在这种情况下，若员工迟到，公司按照规定扣薪，是合法的。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四条、第四十三条，《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条。这些规定强调了用人单位规章制度的制定程序和公示要求，只有符合这些要求的规章制度才能作为确定双方权利义务的依据。
扣薪标准合理
- 扣罚的金额不能过高，应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。比如，员工当月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元，若因迟到给公司造成一定损失，公司每月最多只能扣除1000元（5000元的20%），扣除后员工工资为4000元，高于最低工资标准，这样的扣薪是合理的。
- 法律依据：《工资支付暂行规定》第十五条、第十六条。这些条款明确了用人单位不得随意克扣劳动者工资，以及在因劳动者原因造成经济损失时，扣除工资的比例和最低工资标准的限制。
无合理免责事由
- 员工无故迟到，且不存在不可抗力等合理免责事由时，用人单位方可在合理范围内扣工资。例如，员工因个人原因睡过头导致迟到，且没有提前向公司请假或说明情况，公司按照规定扣薪是合法的。
不合法情况
规章制度不合法
- 规章制度制定程序不合法，如未与职工协商、未公示等。或者规章制度内容违法，如扣薪标准过高，损害劳动者基本权益。比如，公司未经过员工讨论就单方面制定了迟到扣薪的规定，且未将规定告知员工，这样的规章制度对员工不具有法律约束力，公司依据该规定扣薪是不合法的。
- 法律依据：同合法情况中的相关法律依据，强调了规章制度的合法性和公示性的重要性。
扣薪标准不合理
- 扣罚金额过高，导致员工工资低于当地最低工资标准。或者扣除比例明显不合理，超出法定限制。例如，员工当月工资为3000元，当地最低工资标准为2000元，公司因员工迟到一次就扣除2000元，扣除后员工工资仅为1000元，低于最低工资标准，这样的扣薪行为是不合法的。
- 法律依据：《工资支付暂行规定》中关于扣除比例和最低工资标准的规定。
存在合理免责事由
- 员工因不可抗力（如自然灾害、交通堵塞等）或其他合理原因导致迟到，用人单位仍扣工资则属于不合法行为。比如，员工在上班途中遇到严重的交通事故导致道路堵塞，无法按时到达公司，且及时向公司说明了情况，公司仍扣薪是不合理的。
劳动者权益保护
- 若劳动者认为用人单位迟到扣工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其纠正错误做法。比如，员工可以与公司的人力资源部门或上级领导沟通，说明自己认为扣薪不合法的原因，并提供相关证据。
- 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动监察部门会对公司的行为进行调查，若发现公司存在违法行为，会责令公司改正并给予相应的处罚。劳动仲裁则是通过仲裁机构对双方的争议进行裁决，裁决结果具有法律效力。
综上所述，迟到扣工资的合法性需综合考虑规章制度、扣薪标准及特殊情况等多个因素。用人单位应确保规章制度的合法性与合理性，并在扣工资时充分考虑员工的合法权益与实际情况。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。