关于农民工带班直接与总包签订的合同是否有效以及计薪方式是否合法的问题，以下是我的详细解答：
合同效力问题
- 合同有效性的一般原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的有效性主要取决于合同双方是否具备相应的民事行为能力、合同内容是否合法、合同是否双方真实意思表示且不违反法律、行政法规的强制性规定。若农民工带班作为具备完全民事行为能力的自然人，与总包单位在平等、自愿的基础上签订了合同，且合同内容不违反法律法规的强制性规定，那么该合同通常是有效的。
- 特殊情形下的合同效力：如果农民工带班在签订合同时存在欺诈、胁迫等情形，或者合同内容违反了法律、行政法规的强制性规定（如涉及非法用工、低于最低工资标准等），则合同可能被认定为无效或部分无效。但这种情况需要具体证据支持，不能仅凭猜测或假设。
计薪方式合法性问题
- 计薪方式的合法性原则：计薪方式是否合法，主要取决于其是否符合《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及相关地方性法规、规章的规定。合法的计薪方式应当确保农民工的劳动报酬不低于当地最低工资标准，且应当按时足额支付。
- 常见合法计薪方式：包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等。只要这些计薪方式符合法律法规的规定，且双方在合同中有明确约定，就是合法的。
- 非法计薪方式的识别：如果计薪方式存在克扣、无故拖欠工资，或者低于当地最低工资标准支付工资等情形，则属于非法计薪方式。此外，如果合同中约定的计薪方式模糊不清、存在歧义，或者未明确约定支付时间和方式等，也可能引发劳动纠纷。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 审查合同内容：首先，建议您仔细审查与总包签订的合同内容，特别是关于合同效力、计薪方式、支付时间、支付方式等关键条款。确保合同内容合法、明确且双方无异议。
- 咨询专业意见：如果您对合同内容或计薪方式存在疑问或担忧，建议及时咨询专业律师或劳动监察部门。他们可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和帮助。
- 保留证据：在签订合同和履行合同过程中，建议您保留好相关证据（如合同文本、工资条、考勤记录等）。这些证据在发生劳动纠纷时将起到至关重要的作用。
最后，如果您在劳动纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供全面、专业的法律服务。