真实交易中农产品收购发票有瑕疵不一定构成犯罪，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 发票瑕疵的性质与程度
   若发票瑕疵仅涉及格式不规范（如填写错误、信息遗漏等），且未导致国家税款损失或虚构交易，通常属于行政违法行为，可能面临税务机关的行政处罚（如罚款、责令改正），但不构成犯罪。
   关键点：需区分“瑕疵”与“虚开”。若发票内容与实际交易不符（如虚构交易主体、金额、数量等），则可能涉嫌虚开发票类犯罪。

2. 主观故意与客观行为

   • 无故意：若因疏忽导致发票瑕疵（如未按规定填写购买方信息），且无逃避税款的目的，一般不构成犯罪。
     
   • 有故意：若明知发票瑕疵仍用于骗取税款、抵扣进项税额或套取国家补贴，可能触犯《刑法》第二百零五条之一（虚开发票罪）或第二百零一条（逃税罪）。
     示例：为少缴税款故意虚增农产品收购数量，可能被认定为逃税行为。

3. 法律后果的分层

   • 行政责任：根据《发票管理办法》，瑕疵发票可能被责令改正、罚款（最高1万元）；情节严重的，可能被停止供应发票。
     
   • 刑事责任：若瑕疵发票涉及虚开金额较大（如虚开税款数额1万元以上），或造成国家税款损失5万元以上，可能面临二年以下有期徒刑、拘役或罚金。

4. 实务建议

   • 自查整改：发现发票瑕疵后，立即联系税务机关说明情况，补正或重开发票。
     
   • 保留证据：保存交易合同、付款凭证、物流单据等，证明交易真实性，避免被认定为“无货虚开”。
     
   • 咨询专业支持：若涉及大额交易或复杂情况，建议委托律师协助处理，降低法律风险。

总结：发票瑕疵是否构成犯罪，需结合主观故意、客观行为及后果综合判断。建议企业严格遵守发票管理规定，避免因小失大。如有具体案件，可进一步提供细节，我会为您详细分析。