结论前置：农产品收购发票开票主体与交易主体不一致，并不必然构成犯罪，是否构成犯罪需结合具体情节和法律规定综合判断。以下分情况说明：

1. 行政违法层面
   根据《发票管理办法》第二十二条，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具。若开票主体与交易主体不一致，但存在真实交易且无主观故意（如因内部管理疏漏导致），通常属于行政违法行为，税务机关可责令改正并处以罚款（如1万元以下罚款，情节严重的可处1万元以上5万元以下罚款）。此时不涉及刑事犯罪。

2. 刑事犯罪层面
   若开票主体与交易主体不一致且存在以下情形，可能构成虚开发票罪或逃税罪：

   • 主观故意：明知无真实交易或交易主体不符，仍虚开发票以骗取税款、抵扣税款或非法牟利；
     
   • 客观行为：通过伪造交易、虚构主体等方式开具发票，且虚开税款数额较大（如虚开税款数额1万元以上或致使国家税款被骗取5000元以上）；
     
   • 社会危害性：行为导致国家税款损失或扰乱税收征管秩序。
     根据《刑法》第二百零五条之一，虚开发票情节严重的，可处二年以下有期徒刑、拘役或管制，并处罚金；单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员处罚。

3. 例外情形
   若开票主体与交易主体不一致系因合法代理（如农户委托合作社代开发票）或政策允许（如特定地区试点允许集中开票），且符合税务机关备案要求，则不构成违法或犯罪。

实务建议：

• 企业应严格审核发票开具主体与交易主体的一致性，避免因管理疏漏引发行政风险；
  
• 若存在真实交易但开票主体需调整，应提前与税务机关沟通并履行备案手续；
  
• 一旦涉及虚开发票嫌疑，应立即停止行为并主动配合调查，争取从轻处理。
  

如有具体案件或情节需进一步分析，可直接向我咨询。