结论：通过恶意串通取得生效判决认定转让协议有效，受损人确实可以提起确认合同无效之诉。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律背景与依据
《民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》第一百五十四条：“行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。”这一条款明确规定了恶意串通损害他人利益的合同无效。
- 同时，《民法典》第一百五十五条也指出：“无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。”这意味着，一旦合同被认定为无效，其效力将追溯至合同成立之时，对双方均无约束力。
诉讼程序与救济途径：
- 当受损人发现合同是通过恶意串通方式订立，并已经取得生效判决认定转让协议有效时，受损人可以通过提起确认合同无效之诉来维护自己的合法权益。
- 在诉讼过程中，受损人需要提供充分的证据证明合同双方存在恶意串通的行为，以及该行为如何损害了自己的合法权益。
二、实际操作与建议
收集证据：
- 受损人应积极收集能够证明合同双方恶意串通的证据，如通信记录、交易记录、证人证言等。
- 这些证据应能够清晰地展示合同双方如何通过不正当手段达成协议，以及该协议如何对受损人造成了损害。
提起诉讼：
- 在收集到足够证据后，受损人可以向有管辖权的人民法院提起确认合同无效之诉。
- 在诉讼过程中，受损人应明确自己的诉讼请求，即要求法院确认合同无效，并可能要求合同双方承担因合同无效而产生的法律责任。
关注诉讼时效：
- 受损人在提起诉讼时，应注意诉讼时效的问题。根据《民法典》的相关规定，诉讼时效期间通常为三年，自受损人知道或应当知道自己的权益受到损害之日起计算。
- 因此，受损人应及时行使自己的权利，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
三、可能的法律后果
合同被确认无效：
- 如果法院最终认定合同是通过恶意串通方式订立，且损害了受损人的合法权益，那么合同将被确认无效。
- 合同无效后，双方应返还因合同而取得的财产，无法返还或没有必要返还的，应折价补偿。有过错的一方还应赔偿对方因此所受到的损失。
恶意串通者的法律责任：
- 除了合同无效外，恶意串通者还可能面临其他法律责任，如民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任（如果其行为构成犯罪的话）。
进一步思考与依据：在实际操作中，受损人提起确认合同无效之诉时，可能会遇到各种复杂情况，如证据收集困难、对方抗辩等。因此，受损人在提起诉讼前，应充分评估自己的胜诉可能性，并考虑是否需要寻求专业律师的帮助。同时，受损人也应了解相关法律法规和司法实践，以便更好地维护自己的合法权益。
总结与建议：通过恶意串通取得生效判决认定转让协议有效，受损人确实可以提起确认合同无效之诉。在诉讼过程中，受损人应积极收集证据、明确诉讼请求，并关注诉讼时效问题。如果遇到复杂情况或不确定如何操作，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。