当部门规章与地方规章发生冲突时，应由国务院进行裁决。以下是详细分析：

一、法律地位与效力层级

在我国法律体系中，宪法具有最高的法律效力，其次是法律，然后是行政法规、地方性法规、部门规章等。部门规章是由国务院所属部门制定的规范性文件，而地方规章则是由地方人民政府根据本地实际情况制定的。尽管部门规章和地方规章在各自的制定范围内具有法律效力，但它们之间并没有绝对的上下位阶关系。

二、具体裁决机制

1. 国务院裁决：

   • 当部门规章与地方规章对同一事项的规定不一致时，根据《中华人民共和国立法法》的相关规定，应由国务院进行裁决。国务院作为最高国家行政机关，具有对部门规章和地方规章进行协调和裁决的权力。

2. 裁决流程：

   • 在实际裁决过程中，国务院会综合考虑部门规章和地方规章的制定背景、目的、内容以及实际执行情况等因素，进行全面分析和判断。
   • 如果国务院认为应当适用某一规章，则会作出相应的裁决决定，并要求相关机关执行。

三、特殊情形下的处理原则

1. 经济特区法规的特殊地位：

   • 经济特区法规根据授权可对法律、行政法规作变通规定，其效力范围限于本经济特区。若经济特区法规与部门规章或地方规章发生冲突，需结合授权范围和地域适用性综合判断，并遵循国务院的裁决。

2. 新法与旧法的衔接问题：

   • 新制定的规章通常优先适用，但若旧规章未明令废止且与新规章不直接冲突，仍可在特定范围内继续有效。在部门规章与地方规章冲突的情况下，同样需要考虑新法与旧法的衔接问题。

四、实践中的操作建议

1. 主动沟通协商：

   • 在发现部门规章与地方规章存在冲突时，相关部门应及时进行沟通协商，寻求共识，避免执法争议和不必要的法律纠纷。

2. 启动审查程序：

   • 如果沟通协商无果，可以通过备案审查机制向有权机关反映问题，推动规范性文件的修改完善，以确保法律的正确适用和统一实施。

3. 遵循法定程序：

   • 在处理部门规章与地方规章冲突的过程中，必须严格按照《立法法》、《规章制定程序条例》等规定的权限和流程进行操作，确保裁决的合法性和有效性。

总结与建议：部门规章与地方规章的冲突是一个复杂而细致的问题，需要综合运用法律知识、法律原则和裁决机制来确保法律的正确适用。在实际操作中，建议相关部门加强沟通协商，遵循法定程序，共同推动问题的解决。如果您在司法行政领域遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律意见和帮助。