结论前置：您扣留对方公司货物的行为存在法律风险，建议优先通过协商或法律途径解决运费纠纷，而非直接扣货。以下是具体分析和建议：

1. 扣货行为的法律风险

• 可能构成侵权或违法：根据《民法典》第235条，货物所有权人（即对方公司）对其货物享有占有、使用、收益和处分的权利。您未经对方同意扣留货物，可能侵犯其物权，对方有权要求返还货物并主张赔偿损失。
• 可能涉及刑事责任：若扣货行为被认定为“以非法占有为目的，通过威胁或要挟方式强行索取财物”，可能触犯《刑法》第274条的敲诈勒索罪（需结合具体情节判断）。

2. 合法解决运费纠纷的途径

• 协商解决：
  建议首先与对方公司沟通，明确运费金额、支付期限及违约责任，并保留书面证据（如合同、对账单、催款通知等）。若对方认可债务但暂时无力支付，可协商分期付款或以货物抵押。
• 发送律师函：
  若协商无果，可委托律师向对方发送正式律师函，明确要求限期支付运费，并告知逾期将采取法律措施。律师函具有法律威慑力，可能促使对方主动履行义务。
• 提起民事诉讼：
  若对方仍拒绝支付，可向法院提起诉讼，要求对方支付运费及逾期利息。诉讼中需提供充分证据证明债务关系（如运输合同、签收单、发票等）。若胜诉，可申请法院强制执行对方财产。
• 申请财产保全：
  为防止对方转移财产，可在起诉前或诉讼中向法院申请财产保全，冻结对方银行账户或查封等值财产，确保判决后能顺利执行。

3. 若已扣货，如何降低风险？

• 立即通知对方：
  书面告知对方扣货原因、运费金额及解决方案，要求对方限期支付运费以赎回货物。避免单方面处置货物（如变卖），否则可能扩大法律责任。
• 保留证据：
  保存与运费相关的所有证据（如运输合同、对账单、催款记录等），以及扣货时的通知文件、沟通记录等，以证明扣货行为的合理性。
• 尽快通过法律途径解决：
  扣货仅为临时措施，需在合理期限内通过协商或诉讼解决纠纷。若对方提起返还原物之诉，您可能面临返还货物并赔偿损失的风险。

4. 特殊情形：留置权行使

• 留置权的成立条件：
  根据《民法典》第447条，若您的运输行为与货物属于同一法律关系（如您为对方运输货物后，对方未支付运费），且您已合法占有货物，可主张留置权。但需注意：
  1. 留置的货物需与债权属于同一法律关系；
  2. 留置后需通知对方在合理期限内履行债务（通常不少于60日）；
  3. 逾期未履行，可与对方协议以留置财产折价或拍卖、变卖后优先受偿。
• 风险提示：
  若留置权行使不当（如留置非债务货物、未履行通知义务等），仍可能构成侵权。建议行使前咨询专业律师，确保程序合法。

总结建议：扣货并非解决运费纠纷的合法手段，反而可能引发新的法律风险。建议优先通过协商、律师函或诉讼等合法途径主张债权。若已扣货，需立即通知对方并保留证据，同时尽快启动法律程序解决纠纷。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。