甲方工程联系单能否作为结算依据，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、工程联系单的性质与作用
工程联系单是工程建设过程中，各方（包括甲方、乙方、监理等）之间用于沟通、确认工程相关事项的书面文件。它通常用于记录工程变更、进度调整、质量问题处理等事项，并作为后续工程结算、验收等环节的参考依据。然而，工程联系单本身并不直接等同于结算依据，其能否作为结算依据，需结合具体内容和合同约定来判断。
二、能否作为结算依据的情况分析
合同有明确约定：
- 如果合同中明确规定了工程联系单可以作为结算的依据，或者规定了工程联系单在特定条件下（如经双方签字确认后）具有结算效力，那么在这种情况下，甲方工程联系单是可以作为结算依据的。
合同无明确约定，但双方实际履行：
- 如果合同中没有明确规定工程联系单能否作为结算依据，但双方在实际履行过程中，均认可工程联系单的内容，并按照其执行了工程变更、进度调整等事项，且这些事项对工程结算产生了实质性影响，那么在这种情况下，甲方工程联系单也可以视为结算的参考依据。但需要注意的是，这种情况下可能存在一定的法律风险，因为缺乏明确的合同约定，双方可能对工程联系单的效力产生争议。
工程联系单内容明确且经双方确认：
- 即使合同中没有明确规定工程联系单能否作为结算依据，但如果工程联系单的内容明确、具体，且经过了双方（特别是甲方和乙方）的签字确认，那么这份工程联系单在事实上就具有了一定的法律效力，可以作为结算的参考。然而，为了确保其法律效力，最好在工程联系单上明确注明其作为结算依据的意图，并由双方签字盖章确认。
不符合上述情况：
- 如果工程联系单的内容模糊、不明确，或者未经双方确认，或者合同中明确排除了其作为结算依据的可能性，那么在这种情况下，甲方工程联系单就不能作为结算依据。
三、法律建议
完善合同条款：
- 在签订工程合同时，应明确规定工程联系单能否作为结算依据，以及具体的条件和程序。这样可以避免后续因工程联系单效力问题而产生的争议。
规范工程联系单的使用：
- 在工程建设过程中，应规范工程联系单的使用流程，确保其内容明确、具体，并经过双方签字确认。这样可以提高工程联系单的法律效力，减少争议的发生。
保留相关证据：
- 在工程建设过程中，应妥善保管与工程联系单相关的证据材料，如会议纪要、往来函件等。这些证据材料可以在后续结算或争议解决过程中发挥重要作用。
及时咨询专业律师：
- 如果在工程建设过程中遇到工程联系单效力问题或其他法律问题，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。
如有任何关于工程款纠纷或其他法律问题，可以直接向我咨询。