结论：针对您描述的情况，公司不承认后续签订的车辆合作协议中买家为车辆所有权人，并私自将车卖掉，这涉及到合同纠纷和可能的侵权行为。您可以通过法律途径来维护自己的权益，具体可以从以下几个角度进行分析和处理。
一、合同效力与所有权确认
合同效力：
- 首先，需要确认您与公司之间签订的车辆合作协议是否合法有效。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的，合同有效。
- 如果协议内容明确约定了车辆的所有权转移给买家，并且该协议已经双方签字或盖章确认，那么该协议在法律上通常是有效的。
所有权确认：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于物权的规定，动产物权的设立和转让，自交付时发生效力，但是法律另有规定的除外。如果车辆已经按照协议约定交付给您，并且您已经支付了相应的价款，那么您通常可以取得车辆的所有权。
- 如果公司否认您的所有权，您可以通过提供购车合同、付款凭证、车辆交付证明等证据来证明自己的所有权。
二、公司私自卖车的法律后果
侵权行为：
- 如果公司未经您同意私自将车辆卖掉，这可能构成对您所有权的侵犯。根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
- 您有权要求公司停止侵害、返还财产（如果车辆尚未被转卖或可以追回）或者赔偿损失（如果车辆已经被转卖且无法追回）。
合同违约：
- 如果公司违反了车辆合作协议中的约定，私自将车辆卖掉，这还可能构成合同违约。根据《中华人民共和国民法典》中关于合同违约的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 您有权要求公司按照协议约定承担违约责任，包括但不限于赔偿您因此遭受的损失。
三、法律建议与行动步骤
收集证据：
- 尽快收集所有与车辆购买和所有权相关的证据，包括购车合同、付款凭证、车辆交付证明、车辆登记证书等。
- 如果可能的话，还可以收集公司私自卖车的证据，如交易记录、证人证言等。
协商与调解：
- 在收集到足够证据后，可以尝试与公司进行协商或调解，寻求双方都能接受的解决方案。
- 如果协商或调解无果，可以考虑通过法律途径解决纠纷。
提起诉讼：
- 如果公司拒绝承认您的所有权或拒绝承担违约责任，您可以向人民法院提起诉讼，要求法院确认您的所有权并判决公司承担相应的法律责任。
- 在提起诉讼前，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
最后，面对公司不承认车辆所有权并私自卖车的情况，您应保持冷静并积极采取措施维护自己的权益。如果您在处理过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。