员工未按照要求提交离职申请，工资仍需按照实际出勤及合同约定正常发放，但用人单位可依据规章制度处理未提交申请的行为。具体分析如下：

1. 工资发放义务不受离职申请影响
   根据《劳动合同法》第三十条及《工资支付暂行规定》，用人单位必须按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资发放的核心依据是员工实际提供的劳动（如出勤天数、工作成果等），而非是否提交离职申请。即使员工未履行离职手续，只要其已完成约定工作，用人单位无权克扣或拖欠工资。

2. 未提交离职申请的后果
   若公司规章制度明确要求员工离职需提前提交申请（如提前30日书面通知），而员工未履行该程序，用人单位可依据《劳动合同法》第三十九条或公司制度，将此行为视为严重违反规章制度，进而解除劳动合同且无需支付经济补偿。但需注意：

   • 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示；
     
   • 解除合同前需通知工会（如有）；
     
   • 解除理由需与规章制度条款完全匹配。

3. 实务建议

   • 对员工：若公司以未提交申请为由拒发工资，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张全额工资及可能的赔偿金（如公司违法解除合同）。
     
   • 对公司：若员工未提交申请导致工作交接困难，可暂扣与损失相当的工资（需举证实际损失），但需在离职后一次性结清剩余工资；同时保留追究员工违约责任的权利（如合同中有约定）。

总结：工资发放与离职申请是独立法律关系，公司不得以程序瑕疵拒付工资，但可通过合法途径追究员工未履职的责任。如有具体争议，建议提供劳动合同、规章制度等材料进一步分析。