挂靠公司承包工程，即使竣工款已支付，仍有可能面临追责。这主要取决于挂靠行为本身的合法性以及工程实施过程中是否存在违法违规行为。以下从不同角度为你详细分析：

一、挂靠行为的合法性

1. 挂靠行为通常违法：

   • 在建设工程领域，挂靠行为往往被视为违法，因为它违反了建筑市场的准入制度和公平竞争原则。挂靠人通常不具备相应的施工资质，却通过借用被挂靠人的名义承接工程，这既损害了被挂靠人的利益，也可能对工程质量造成隐患。

2. 法律后果：

   • 如果挂靠行为被查实，挂靠人和被挂靠人都可能面临行政处罚，如罚款、吊销资质证书等。同时，如果因挂靠行为导致工程质量问题或安全事故，挂靠人和被挂靠人还可能承担民事赔偿责任，甚至刑事责任。

二、竣工款支付与追责的关系

1. 竣工款支付不免除责任：

   • 竣工款的支付是工程合同履行的一部分，它并不免除挂靠人和被挂靠人因违法违规行为而应承担的法律责任。即使竣工款已经支付，如果后续发现工程存在质量问题或挂靠行为违法，相关部门仍可以依法进行追责。

2. 追责的时效性：

   • 追责的时效性取决于具体的法律规定和案件情况。一般来说，如果违法行为在追诉时效内被发现，相关部门就可以依法进行追责。因此，即使竣工款已经支付多年，如果挂靠行为违法且未被发现，一旦被发现仍可能面临追责。

三、可能面临的追责情形

1. 工程质量问题：

   • 如果工程存在质量问题，且问题与挂靠行为有关，那么挂靠人和被挂靠人都可能承担民事赔偿责任。这包括修复工程的费用、因质量问题导致的损失赔偿等。

2. 安全事故责任：

   • 如果工程发生安全事故，且事故与挂靠行为有关，那么挂靠人和被挂靠人都可能承担刑事责任或民事赔偿责任。这取决于事故的严重程度和法律规定。

3. 行政处罚：

   • 如果挂靠行为被查实，相关部门可以对挂靠人和被挂靠人进行行政处罚，如罚款、吊销资质证书、责令停业整顿等。

四、建议与措施

1. 遵守法律法规：

   • 挂靠人和被挂靠人都应严格遵守相关法律法规，避免进行违法违规的挂靠行为。这有助于维护建筑市场的秩序和公平竞争环境。

2. 加强风险管理：

   • 在工程实施过程中，挂靠人和被挂靠人都应加强风险管理，确保工程质量符合标准，避免发生安全事故。同时，应保留好相关证据和文件，以备不时之需。

3. 及时咨询专业律师：

   • 如果面临追责风险或已经收到相关部门的调查通知，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并制定合适的应对策略。

总结来说，挂靠公司承包工程即使竣工款已支付，仍有可能面临追责。这主要取决于挂靠行为的合法性以及工程实施过程中是否存在违法违规行为。因此，建议挂靠人和被挂靠人都应严格遵守相关法律法规，加强风险管理，并在必要时及时咨询专业律师。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。