结论：店铺转让后，原法人是否需承担两万元罚款，需分情况讨论，主要取决于违法行为发生时间、转让协议约定及行政机关的追责对象认定。以下是具体分析：

1. 若违法行为发生在转让前，且原法人无法证明已尽到管理义务

根据《行政处罚法》及相关法规，行政处罚的对象是“违法行为人”。若烟草被查的时间在店铺转让前，且原法人作为实际经营者时存在违法销售、储存烟草等行为（如未取得烟草专卖许可证、超范围经营等），则原法人作为直接责任人，需承担罚款责任。
例外情形：若原法人能证明违法行为是转让后新法人所为（如转让协议中明确约定“转让后所有经营行为由新法人负责”，且能提供交接证据），则可能免责。但实践中，行政机关通常以“违法行为发生时的经营主体”为处罚对象，原法人需承担举证责任。

2. 若违法行为发生在转让后，原法人无需承担责任

若烟草被查的时间在店铺转让后，且原法人已完成工商变更登记（即新法人成为营业执照上的法定代表人），则违法行为与原法人无关，罚款应由新法人承担。
关键点：需确保转让程序合法（如签订书面转让协议、办理工商变更、税务登记变更等），避免因程序瑕疵被认定为“未实际转让”。

3. 转让协议的约定可能影响责任分担

若原法人与新法人在转让协议中明确约定“转让前的债务由原法人承担”，则原法人可能需依据合同约定履行罚款支付义务。但需注意：

• 行政处罚的独立性：行政机关的罚款决定不受民事合同约束，原法人仍可能被直接追责；
  
• 内部追偿权：原法人若先行缴纳罚款，可依据转让协议向新法人追偿，但需通过民事诉讼解决。

4. 实务建议

1. 立即核实违法行为时间：调取烟草被查的行政处罚决定书，确认违法行为发生时间是否在转让前；
   
2. 检查转让协议条款：确认协议中是否对“转让前债务”有明确约定；
   
3. 与行政机关沟通：向作出处罚的烟草专卖局或市场监管局说明转让情况，提供工商变更证明等材料；
   
4. 保留证据：包括转让协议、交接清单、付款记录等，以备后续争议使用。

总结：原法人是否需承担罚款，需结合违法行为时间、转让程序合法性及协议约定综合判断。若您能提供更详细的信息（如转让时间、处罚决定书内容等），可进一步为您分析具体风险。