结论：在公司上班但工资不是由公司直接发放的情况，可能涉及多种合法或不合法的情形，员工应了解工资发放的具体原因和方式，并在必要时采取措施维护自己的合法权益。以下是对这一问题的详细分析：
合法情形
劳务派遣：
- 若员工是通过劳务派遣方式进入公司工作，其工资由派遣单位发放是合法的。
- 员工应与派遣单位签订劳动合同，并明确工资发放的相关条款，包括工资标准、发放时间等。
第三方代发：
- 公司可能委托合法的第三方机构（如银行或人力资源服务机构）代发工资，这也是常见的合法操作。
- 公司应与代发机构签订明确的委托协议，并确保工资按时、准确发放到员工账户。
- 这种代发方式应在劳动合同或相关协议中有所体现，以便员工了解并确认。
特殊薪酬体系：
- 某些公司可能采用特殊的薪酬体系，导致工资通过其他方式或账户发放。
- 例如，将工资与奖金、福利等分开支付，只要这种方式在劳动合同中有明确规定，且符合相关法律法规，也是合法的。
可能存在的风险或不合法的情形
关联公司发放但无明确说明：
- 如果公司通过其关联公司发放工资，而没有清晰的财务记录和明确说明，可能会在劳动纠纷时使员工权益保障出现困难。
- 员工应确保劳动合同中明确劳动关系主体，以避免后续争议。若劳动合同中未明确，员工有权要求公司进行说明并补充相关条款。
个人发放：
- 工资由公司老板或其他个人的私人账户发放存在较大风险。
- 这不仅难以确认款项性质为工资，还可能影响员工维权。此外，公司可能通过这种方式逃避税收、社会保险缴纳等法定义务。
- 员工应警惕此类情况，并要求公司提供正规的工资发放渠道，如公司对公账户或委托的第三方机构账户。
逃避责任或税收：
- 未经法定程序或约定擅自改变工资发放主体，可能是为了逃避责任、规避税收或其他不当目的。
- 这种行为违反了劳动法律法规，员工有权要求公司按照正常途径发放工资，并在必要时向劳动监察部门投诉或寻求法律帮助。
员工的应对措施
了解原因：
- 当发现工资不由公司直接发放时，员工应首先与公司沟通，了解清楚具体原因和发放方式。
查看合同：
- 仔细查阅劳动合同或相关协议，确保工资发放的具体条款与实际情况相符。
- 如果合同中有明确规定，公司应按照合同执行；如果合同中未明确或存在歧义，员工有权要求公司进行解释或补充。
留存证据：
- 对于工资发放的相关沟通记录、银行流水等证据，员工应妥善保存。
- 这些证据在后续可能发生的劳动纠纷中将起到重要作用，有助于员工证明自己的权益。
维护权益：
- 如果认为工资发放方式存在问题或自己的权益受到损害，员工有权要求公司纠正并按照正常途径发放工资。
- 如果因此造成了损失，员工还可以依法主张赔偿，包括要求公司支付拖欠的工资、经济补偿金等。
法律途径：
- 若与公司沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在必要时，员工还可以向法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
总结：员工在面对公司上班但工资不是公司发放的情况时，应保持警惕并了解自己的权益。通过与公司沟通、查看合同、留存证据等措施，确保自己的合法权益不受损害。如有必要，可直接向我咨询以获取更详细的法律建议和指导。